41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1508 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1508  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  100 
 
 		 225 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1874  response regulator  33.82 
 
 		 181 aa  89.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.393218  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2766  response regulator  33.33 
 
 		 198 aa  87  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0580203 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1810  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  33.93 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1151  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.34 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1448  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  23.94 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3445  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.86 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1081  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.54 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0829  response regulator receiver:ANTAR  25.22 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.018256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3317  putative response regulator NasT  28.07 
 
 		 201 aa  49.3  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0234612  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4510  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.04 
 
 		 219 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000166869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3858  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.04 
 
 		 219 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.853052  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1340  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.71 
 
 		 198 aa  48.9  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.579049 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5794  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.04 
 
 		 198 aa  48.9  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3266  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.5 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.559806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5673  response regulator receiver and ANTAR domain protein  26.05 
 
 		 191 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598594 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3940  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  22.65 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.590133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4144  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  23.16 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.071014 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4403  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  22.73 
 
 		 198 aa  45.8  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.155669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3741  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.45 
 
 		 202 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755024  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1048  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  25.21 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192908  normal  0.77765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1611  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  25.18 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000101988 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1604  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  25.18 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284464 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2271  response regulator receiver domain-containing protein  25.89 
 
 		 188 aa  44.7  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2871  response regulator receiver and ANTAR domain protein  25 
 
 		 204 aa  43.5  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372726  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4961  response regulator receiver and ANTAR domain protein  24.14 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.044252 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5014  response regulator receiver and ANTAR domain protein  23.93 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.757534 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03665  nitrate-and nitrite-responsive positive regulator  38.46 
 
 		 446 aa  44.3  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3647  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  25.18 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1455  response regulator receiver and ANTAR domain protein  24.71 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.770993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4498  ANTAR domain-containing protein  22.49 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2093  response regulator receiver and ANTAR domain protein  25.18 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.966349  normal  0.0833699 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1952  putative aliphatic amidase regulator (AmiR)  25.93 
 
 		 148 aa  43.9  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4455  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.37 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.269789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1784  response regulator receiver  25.71 
 
 		 191 aa  42.4  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0331  response regulator receiver:ANTAR  24.35 
 
 		 214 aa  42.4  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2302  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  22.16 
 
 		 195 aa  42.4  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.874561 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0678  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.48 
 
 		 243 aa  42  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3575  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  24.81 
 
 		 229 aa  41.6  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.10936  normal  0.0183031 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1415  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  23.93 
 
 		 210 aa  41.6  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.609776  normal  0.778661 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2306  response regulator NasT  25.71 
 
 		 191 aa  41.6  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>