More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2115 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00787  fused predicted transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  65.09 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2822  ABC transporter related protein  65.09 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.596097  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2483  ABC transporter, ATP-binding protein  64.14 
 
 		 531 aa  721    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1506  ABC transporter related  64.55 
 
 		 522 aa  714    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0878  ABC transporter, ATP-binding protein  65.28 
 
 		 530 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.720445  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1795  ABC transporter related  57.95 
 
 		 530 aa  634    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.348279 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0969  ABC transporter, ATP-binding protein  65.09 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.12537  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2936  ABC transporter ATP-binding protein  64.14 
 
 		 528 aa  726    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.914866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0890  ABC transporter, ATP-binding protein  65.09 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.725571  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0218  ABC transporter, ATP-binding protein  82.57 
 
 		 525 aa  933    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.307752  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2370  ABC transporter related  88.06 
 
 		 536 aa  996    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3190  ABC transporter related  65.46 
 
 		 531 aa  734    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0127  ABC transporter, ATP-binding protein  61.52 
 
 		 546 aa  682    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1453  ABC transporter ATP-binding protein  57.54 
 
 		 540 aa  650    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657517  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2353  ABC transporter related  84.83 
 
 		 536 aa  950    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.524444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28710  ABC transporter, ATP binding component  63.78 
 
 		 521 aa  702    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1366  ABC transporter, ATP-binding protein  77.8 
 
 		 534 aa  892    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3204  ABC transporter, ATP-binding protein  64.46 
 
 		 530 aa  719    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0877  ABC transporter, ATP-binding protein  65.09 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1795  ABC transporter, ATP-binding protein  58.14 
 
 		 599 aa  637    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0657845  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2836  ABC transporter related  64.33 
 
 		 528 aa  726    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.104102  normal  0.187196 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1690  ABC transporter, ATP-binding protein  65.09 
 
 		 530 aa  733    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2525  ABC transporter, ATP-binding protein  84.98 
 
 		 533 aa  958    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1386  ABC transporter, ATP-binding protein  65.65 
 
 		 531 aa  741    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.65535  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2766  ABC transporter, ATP-binding protein  63.39 
 
 		 521 aa  680    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0491169  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1409  ABC transporter related  64.5 
 
 		 546 aa  737    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0180506  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1285  ABC transporter related  58.33 
 
 		 530 aa  636    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143824  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2581  ABC transporter related  63.95 
 
 		 531 aa  720    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1333  ABC transporter related  57.12 
 
 		 560 aa  654    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.858749  normal  0.306045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3332  ABC transporter ATP-binding protein  64.14 
 
 		 529 aa  718    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705924  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0906  ABC transporter ATP-binding protein  65.28 
 
 		 530 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.753314  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1308  ABC transporter, ATP-binding protein  58.14 
 
 		 530 aa  637    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0990  ABC transporter ATP-binding protein  65.28 
 
 		 531 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.166125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2495  ABC transporter  63.57 
 
 		 529 aa  693    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0911  ABC transporter ATP-binding protein  61.85 
 
 		 523 aa  674    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3260  ABC transporter ATP-binding protein, two fused  63.2 
 
 		 523 aa  702    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0410854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1844  ABC transporter related  57.73 
 
 		 540 aa  652    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2845  ABC transporter related  64.93 
 
 		 522 aa  717    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363602 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2288  ABC transporter related  94.57 
 
 		 536 aa  1055    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2318  putative ABC transport system, ATP-binding protein  58.14 
 
 		 555 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1500  ABC transporter related  58.52 
 
 		 530 aa  636    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0377572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2609  ABC transporter-like  63.76 
 
 		 528 aa  713    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2755  ABC transporter related  63.95 
 
 		 528 aa  724    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3311  ABC transporter related  81.78 
 
 		 527 aa  915    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.819079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2750  ABC transporter related  64.33 
 
 		 528 aa  727    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.742675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1676  ABC transporter-related protein  66.41 
 
 		 531 aa  747    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.762171  unclonable  0.00000352126 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2122  ABC transporter related  84.46 
 
 		 536 aa  946    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.282545  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1500  ABC transporter related  64.93 
 
 		 522 aa  718    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130097  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2108  ABC transporter related  84.46 
 
 		 536 aa  946    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.020355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03121  ABC transporter ATP-binding protein  71.21 
 
 		 530 aa  811    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1606  ABC transporter related  63.55 
 
 		 528 aa  702    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2003  ABC transporter related  64.9 
 
 		 528 aa  723    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.118433  decreased coverage  0.00762466 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2528  ABC transporter, ATP-binding protein  64.9 
 
 		 530 aa  726    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.138533  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06614  hypothetical protein  84.67 
 
 		 526 aa  936    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2882  ABC transporter related  62.62 
 
 		 528 aa  692    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2150  ABC transporter ATPase  58.33 
 
 		 599 aa  638    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.911921  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1811  ABC transporter related  60.45 
 
 		 557 aa  679    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2209  ABC transporter related  84.03 
 
 		 530 aa  950    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1066  ABC transporter, ATP-binding protein  58.14 
 
 		 599 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.58247  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2269  ABC transporter, ATP-binding protein  58.33 
 
 		 530 aa  639    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2186  ABC transporter, ATP-binding protein  58.14 
 
 		 555 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1127  ABC transporter, ATP-binding protein  64.71 
 
 		 530 aa  722    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2771  ABC transporter related  63.78 
 
 		 522 aa  708    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0844  ABC transporter, ATP-binding protein  65.09 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.58 
 
 		 531 aa  832    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2173  ABC transporter related  62.48 
 
 		 520 aa  694    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.453186  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1135  ABC transporter related  60.69 
 
 		 531 aa  656    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.521044  normal  0.0732961 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1536  ABC transporter related  64.9 
 
 		 530 aa  729    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.211854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0945  ABC transporter, ATP-binding protein  61.67 
 
 		 530 aa  687    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.638605  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1961  ABC transporter related  82.84 
 
 		 534 aa  948    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2240  ABC transporter related  64.16 
 
 		 522 aa  716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2237  ABC transporter related  84.83 
 
 		 536 aa  950    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2480  ABC transporter related  62.43 
 
 		 529 aa  679    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0100  ABC transporter, ATP-binding protein  58.14 
 
 		 599 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.388339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2823  ABC transporter related  65.09 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1839  ABC transporter related  83.71 
 
 		 536 aa  961    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.645779  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1575  ABC transporter-related protein  56.8 
 
 		 540 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.830365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1013  ABC transporter ATP-binding protein  84.23 
 
 		 522 aa  934    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1545  ABC transporter-related protein  63.78 
 
 		 522 aa  702    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2115  ABC transporter ATPase  100 
 
 		 549 aa  1135    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.199216  normal  0.196946 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6309  ABC transporter related  57.95 
 
 		 530 aa  635    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1712  ABC transporter related  61 
 
 		 520 aa  688    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4180  ABC transporter related  79.14 
 
 		 534 aa  904    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0101186  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1311  ABC transporter related  65.46 
 
 		 531 aa  729    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0936  ABC transporter ATP-binding protein  65.09 
 
 		 530 aa  727    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.337532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1486  ABC transporter-related protein  63.55 
 
 		 524 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02269  hypothetical protein  65.46 
 
 		 530 aa  726    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0969  ABC transporter ATP-binding protein  65.28 
 
 		 531 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.138083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2084  ABC transporter related  84.03 
 
 		 530 aa  950    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2586  ABC transporter related  65.09 
 
 		 546 aa  733    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.109376 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1891  ABC transporter related  84.03 
 
 		 530 aa  950    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.12053 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2653  ABC transporter related  65.28 
 
 		 546 aa  733    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.498071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1349  ABC transporter related  64.55 
 
 		 522 aa  717    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2077  ABC transporter related  84.7 
 
 		 553 aa  967    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1770  ABC transporter related  57.95 
 
 		 530 aa  635    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.210956  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1709  ABC transporter related  57.95 
 
 		 530 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39130  putative ATP-binding component of ABC transporter  63.39 
 
 		 521 aa  699    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1063  ABC transporter related  61.67 
 
 		 530 aa  687    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2999  ABC transporter ATP-binding protein  64.14 
 
 		 587 aa  719    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000839463 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2760  ABC transporter related  65.09 
 
 		 546 aa  733    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.120146  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>