164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0951 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0951  arginine repressor  100 
 
 		 156 aa  320  4e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.262992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1001  arginine repressor  92.95 
 
 		 156 aa  299  9e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0348249  hitchhiker  0.0000998634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0866  arginine repressor  91.67 
 
 		 156 aa  296  5e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0489183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0849  arginine repressor  91.03 
 
 		 156 aa  292  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0640  arginine repressor  87.18 
 
 		 156 aa  284  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0608  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  283  8e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.126025  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3220  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  283  8e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0168204  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3686  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  283  8e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3810  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  283  8e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.871156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3628  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  283  8e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3340  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  281  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0613  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  281  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3510  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  281  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.609828  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0769  arginine repressor  87.66 
 
 		 156 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0671  arginine repressor  88.46 
 
 		 154 aa  280  4.0000000000000003e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0825  arginine repressor  84.62 
 
 		 160 aa  277  5e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000490161  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0468  arginine repressor  72.37 
 
 		 156 aa  230  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000150922  normal  0.831176 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0552  arginine repressor  72.37 
 
 		 156 aa  228  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000371298  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0787  arginine repressor  72.37 
 
 		 156 aa  228  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000129579  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3672  arginine repressor  70.39 
 
 		 156 aa  228  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3366  arginine repressor  71.71 
 
 		 156 aa  227  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00000452789  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0469  arginine repressor, ArgR  69.28 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4554  arginine repressor  69.28 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3426  arginine repressor  69.28 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.784713  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3720  arginine repressor  69.28 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0469  arginine repressor  69.28 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.191978 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3533  arginine repressor  69.28 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.402706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3539  arginine repressor  69.28 
 
 		 156 aa  226  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3485  arginine repressor  71.05 
 
 		 156 aa  225  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000818234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3617  arginine repressor  71.05 
 
 		 156 aa  224  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.677285  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3970  arginine repressor  71.05 
 
 		 156 aa  224  3e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3762  arginine repressor  71.05 
 
 		 156 aa  224  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.46105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3720  arginine repressor  68.63 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.323372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3551  arginine repressor  68.63 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3552  arginine repressor  68.63 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.813926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3623  arginine repressor  68.63 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.445148 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3658  arginine repressor  68.63 
 
 		 156 aa  224  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.256744  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03097  arginine repressor  68.63 
 
 		 156 aa  222  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03048  hypothetical protein  68.63 
 
 		 156 aa  222  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4515  arginine repressor  66.45 
 
 		 157 aa  221  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2849  arginine repressor  70.27 
 
 		 177 aa  218  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0295  arginine repressor  70.47 
 
 		 150 aa  217  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0358  arginine repressor  67.1 
 
 		 156 aa  216  7e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00201072  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1056  arginine repressor  67.79 
 
 		 155 aa  216  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00416877  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001677  arginine pathway regulatory protein ArgR repressor of arg regulon  65.16 
 
 		 158 aa  215  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00162702  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00794  arginine repressor  65.16 
 
 		 156 aa  214  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00735  arginine repressor  66 
 
 		 154 aa  211  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0538  arginine repressor  65.33 
 
 		 154 aa  206  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0697  arginine repressor  46.2 
 
 		 160 aa  155  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0588  arginine repressor  47.92 
 
 		 159 aa  131  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1597  arginine repressor  47.92 
 
 		 195 aa  130  5e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.926684  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4864  arginine repressor ArgR  33.57 
 
 		 162 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4844  arginine repressor ArgR  33.57 
 
 		 162 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4714  arginine repressor, ArgR  33.57 
 
 		 162 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0371163  normal  0.633002 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0631  arginine repressor, ArgR  42.15 
 
 		 158 aa  90.1  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4745  arginine repressor, ArgR  33.57 
 
 		 162 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4808  arginine repressor ArgR  33.57 
 
 		 162 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.777034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0613  arginine repressor, ArgR  38.52 
 
 		 160 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0413371  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0621  arginine repressor, ArgR  38.52 
 
 		 160 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0370029  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0448  ArgR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 159 aa  85.1  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68791  normal  0.0143108 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0586  ArgR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 163 aa  78.2  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5466  arginine repressor  36.92 
 
 		 168 aa  78.2  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.738958  normal  0.0217545 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1333  arginine repressor, ArgR  33.57 
 
 		 148 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00615328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3156  arginine repressor  34.59 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06560  arginine repressor, ArgR  32.14 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212606  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2156  arginine repressor, ArgR  36.59 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000822045  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1030  arginine repressor, ArgR  35.25 
 
 		 150 aa  70.9  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.507281  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1502  arginine repressor  35.34 
 
 		 176 aa  70.9  0.000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000136433 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1742  arginine repressor, ArgR  39.13 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0017148 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2053  arginine repressor  35.46 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.182816  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10120  transcriptional regulator, ArgR family  32.86 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1258  ArgR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0356783 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5451  arginine repressor, ArgR  40.34 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0981775  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3056  arginine repressor, ArgR  35.82 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0132947  normal  0.798725 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0066  arginine repressor  34.17 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.558575  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1324  ArgR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2982  arginine repressor  36.05 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.57885  normal  0.044902 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2967  arginine repressor  36.05 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3011  arginine repressor  36.05 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.455021  normal  0.600115 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2026  arginine repressor ArgR  33.83 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.518253 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2398  arginine repressor, ArgR  37.01 
 
 		 161 aa  67.8  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2473  arginine repressor  33.08 
 
 		 180 aa  67.4  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0776  arginine repressor  30.56 
 
 		 148 aa  67  0.00000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.668577  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1501  arginine repressor  34.59 
 
 		 186 aa  67  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11675  arginine repressor  36.72 
 
 		 176 aa  67  0.00000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.20822e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3170  ArgR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0388533 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1646  arginine repressor, ArgR  33.33 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0546  arginine repressor, ArgR  32.17 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000103861  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3023  arginine repressor, ArgR  32.56 
 
 		 178 aa  66.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1886  arginine repressor, ArgR  36.51 
 
 		 171 aa  66.2  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00411801  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0560  arginine repressor, ArgR  32.17 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0405896  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14370  transcriptional regulator, ArgR family  36.43 
 
 		 162 aa  64.7  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22280  transcriptional regulator, ArgR family  31.11 
 
 		 175 aa  65.1  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.772386  normal  0.886844 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2102  arginine repressor ArgR, putative  33.07 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0585  arginine repressor  31.67 
 
 		 153 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3525  arginine repressor  34.38 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.4949 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2836  arginine repressor  35.61 
 
 		 172 aa  63.5  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.122938  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3309  arginine repressor  35.16 
 
 		 161 aa  63.9  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0125249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1072  arginine repressor, ArgR  31.21 
 
 		 148 aa  63.5  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21690  transcriptional regulator, ArgR family  32.31 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.253364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>