172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3253 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_1593  phosphoenolpyruvate carboxykinase  67.23 
 
 		 539 aa  715    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239491  normal  0.559364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5431  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.15 
 
 		 536 aa  756    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2089  phosphoenolpyruvate carboxykinase  76.49 
 
 		 536 aa  859    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0523269  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1639  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.18 
 
 		 539 aa  722    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0138772  normal  0.211058 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0350  phosphoenolpyruvate carboxykinase  65.8 
 
 		 538 aa  734    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.391581  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3970  phosphoenolpyruvate carboxykinase  79.29 
 
 		 536 aa  879    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1680  phosphoenolpyruvate carboxykinase  63.21 
 
 		 532 aa  685    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0461  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.2 
 
 		 537 aa  781    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2908  phosphoenolpyruvate carboxykinase  65.09 
 
 		 534 aa  693    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.775777  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0535  phosphoenolpyruvate carboxykinase  62.43 
 
 		 535 aa  674    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3144  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.03 
 
 		 539 aa  735    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.645692 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0599  phosphoenolpyruvate carboxykinase  67.97 
 
 		 537 aa  763    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0365  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.16 
 
 		 537 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000921234 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0445  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.73 
 
 		 538 aa  731    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2442  phosphoenolpyruvate carboxykinase  64.33 
 
 		 532 aa  697    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.451233 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2046  phosphoenolpyruvate carboxykinase  67.65 
 
 		 561 aa  692    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0742048 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3502  phosphoenolpyruvate carboxykinase  74.25 
 
 		 536 aa  843    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1100  phosphoenolpyruvate carboxykinase  67.5 
 
 		 537 aa  724    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.814328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2852  phosphoenolpyruvate carboxykinase  65.78 
 
 		 532 aa  707    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1921  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.18 
 
 		 539 aa  722    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0333247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0223  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.34 
 
 		 536 aa  758    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.015487 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0313  phosphoenolpyruvate carboxykinase  63.21 
 
 		 532 aa  685    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2566  phosphoenolpyruvate carboxykinase  63.4 
 
 		 532 aa  686    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.666765 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4297  phosphoenolpyruvate carboxykinase  80.22 
 
 		 536 aa  882    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1375  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.86 
 
 		 536 aa  746    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.875002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7365  phosphoenolpyruvate carboxykinase  67.47 
 
 		 537 aa  760    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.026765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5391  phosphoenolpyruvate carboxykinase  64.8 
 
 		 564 aa  692    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.925553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0403  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.92 
 
 		 532 aa  730    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551445  normal  0.0144592 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0042  phosphoenolpyruvate carboxykinase  76.87 
 
 		 536 aa  871    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3253  phosphoenolpyruvate carboxykinase  100 
 
 		 536 aa  1110    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0363  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.53 
 
 		 537 aa  765    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117226  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0829  phosphoenolpyruvate carboxykinase  76.12 
 
 		 536 aa  854    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0109  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68 
 
 		 537 aa  746    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.550935  normal  0.275984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2843  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.28 
 
 		 558 aa  783    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0213  phosphoenolpyruvate carboxykinase  65.03 
 
 		 532 aa  711    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1196  phosphoenolpyruvate carboxykinase  55.64 
 
 		 529 aa  608  1e-173  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0871  phosphoenolpyruvate carboxykinase  56.29 
 
 		 530 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.549983  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1886  phosphoenolpyruvate carboxykinase  58.93 
 
 		 551 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0748  phosphoenolpyruvate carboxykinase  53.54 
 
 		 534 aa  600  1e-170  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000435432  hitchhiker  0.000000000104521 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3603  phosphoenolpyruvate carboxykinase  55.49 
 
 		 530 aa  597  1e-169  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0633  phosphoenolpyruvate carboxykinase  56.54 
 
 		 525 aa  593  1e-168  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000533993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3169  phosphoenolpyruvate carboxykinase  55.13 
 
 		 530 aa  588  1e-166  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000302489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0658  phosphoenolpyruvate carboxykinase  56.04 
 
 		 528 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1893  phosphoenolpyruvate carboxykinase  53.52 
 
 		 526 aa  572  1.0000000000000001e-162  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0173084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1134  phosphoenolpyruvate carboxykinase  54.39 
 
 		 513 aa  568  1e-160  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000731293  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0748  phosphoenolpyruvate carboxykinase  54.71 
 
 		 529 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00112028 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4076  phosphoenolpyruvate carboxykinase  55.62 
 
 		 526 aa  564  1.0000000000000001e-159  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0733  phosphoenolpyruvate carboxykinase  54.51 
 
 		 537 aa  559  1e-158  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0369  phosphoenolpyruvate carboxykinase  52.43 
 
 		 538 aa  561  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2779  phosphoenolpyruvate carboxykinase  53.92 
 
 		 523 aa  554  1e-156  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1393  phosphoenolpyruvate carboxykinase  53.86 
 
 		 539 aa  542  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4595  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.85 
 
 		 528 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4042  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.06 
 
 		 571 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4079  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.06 
 
 		 571 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.58707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1366  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.38 
 
 		 534 aa  534  1e-150  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1842  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.4 
 
 		 530 aa  532  1e-150  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1878  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.4 
 
 		 530 aa  532  1e-150  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4916  phosphoenolpyruvate carboxykinase  52.12 
 
 		 528 aa  529  1e-149  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4887  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.22 
 
 		 528 aa  530  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4661  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.22 
 
 		 528 aa  529  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4501  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.22 
 
 		 528 aa  529  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4518  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.22 
 
 		 528 aa  530  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.170793  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5019  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.22 
 
 		 528 aa  529  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0789117  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4906  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.22 
 
 		 528 aa  529  1e-149  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.016367  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3438  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.97 
 
 		 528 aa  530  1e-149  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0013049  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0392  phosphoenolpyruvate carboxykinase  52.02 
 
 		 499 aa  529  1e-149  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0898172 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4879  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.22 
 
 		 528 aa  529  1e-149  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00965409  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1353  phosphoenolpyruvate carboxykinase  49.8 
 
 		 530 aa  528  1e-148  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.866252  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0680  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.53 
 
 		 532 aa  526  1e-148  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2776  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.19 
 
 		 572 aa  526  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0965  phosphoenolpyruvate carboxykinase  49.41 
 
 		 525 aa  526  1e-148  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0335264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6930  phosphoenolpyruvate carboxykinase  49.06 
 
 		 533 aa  526  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.518849  normal  0.421988 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0361  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.04 
 
 		 528 aa  527  1e-148  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0203632  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01655  phosphoenolpyruvate carboxykinase  48.2 
 
 		 536 aa  523  1e-147  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2591  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.61 
 
 		 549 aa  524  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406623 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1509  phosphoenolpyruvate carboxykinase  48.63 
 
 		 525 aa  522  1e-147  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.435783  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4091  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.98 
 
 		 533 aa  520  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1874  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50 
 
 		 533 aa  516  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000477195  normal  0.147307 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0165  phosphoenolpyruvate carboxykinase  52.05 
 
 		 513 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1294  phosphoenolpyruvate carboxykinase  47.85 
 
 		 525 aa  509  1e-143  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.200152  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1196  phosphoenolpyruvate carboxykinase  47.86 
 
 		 524 aa  506  9.999999999999999e-143  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.862776  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0152  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.46 
 
 		 513 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0147  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.27 
 
 		 513 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0147  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.46 
 
 		 513 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0162  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.27 
 
 		 513 aa  502  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1696  phosphoenolpyruvate carboxykinase  48.52 
 
 		 528 aa  503  1e-141  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4210  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.68 
 
 		 513 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0149  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.88 
 
 		 513 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0101  phosphoenolpyruvate carboxykinase  51.27 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.539498  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4740  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.89 
 
 		 513 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3623  phosphoenolpyruvate carboxykinase  49.7 
 
 		 513 aa  495  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3571  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.88 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0145  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.68 
 
 		 513 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0148  phosphoenolpyruvate carboxykinase  50.49 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0882  phosphoenolpyruvate carboxykinase  46.48 
 
 		 524 aa  493  9.999999999999999e-139  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.490895  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4362  phosphoenolpyruvate carboxykinase  49.9 
 
 		 513 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1197  phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)  49.53 
 
 		 531 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1010  phosphoenolpyruvate carboxykinase  46.68 
 
 		 524 aa  491  1e-137  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.504538  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0606  phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)  48.22 
 
 		 525 aa  488  1e-137  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1628  phosphoenolpyruvate carboxykinase  46.9 
 
 		 538 aa  490  1e-137  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>