19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1237 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1237  hypothetical protein  100 
 
 		 885 aa  1818    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1821  hypothetical protein  43.77 
 
 		 892 aa  693    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.330688  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3548  type II secretion system protein C  37.35 
 
 		 980 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0551  hypothetical protein  29.75 
 
 		 944 aa  333  7.000000000000001e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1217  hypothetical protein  28.68 
 
 		 997 aa  283  9e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2953  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  27.4 
 
 		 1004 aa  87  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.5475 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3711  hypothetical protein  23.23 
 
 		 730 aa  79.3  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0120943  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1000  hypothetical protein  27.38 
 
 		 954 aa  67.4  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.330907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3821  hypothetical protein  26.52 
 
 		 953 aa  67.8  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00157336 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1624  hypothetical protein  32.56 
 
 		 646 aa  67.4  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1290  protein of unknown function DUF323  24.46 
 
 		 1160 aa  61.6  0.00000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.286485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0550  hypothetical protein  31.58 
 
 		 766 aa  50.4  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3713  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  23.48 
 
 		 997 aa  48.5  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.419088 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2952  hypothetical protein  29.17 
 
 		 683 aa  48.1  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.174565  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.03 
 
 		 407 aa  46.6  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.68 
 
 		 407 aa  46.6  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  28.15 
 
 		 444 aa  45.4  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  29.01 
 
 		 442 aa  45.1  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0325  WD40 domain-containing protein beta Propeller  25.63 
 
 		 901 aa  44.3  0.01  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>