14 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3548 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3548  type II secretion system protein C  100 
 
 		 980 aa  2016    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1821  hypothetical protein  41.45 
 
 		 892 aa  648    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.330688  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1237  hypothetical protein  37.35 
 
 		 885 aa  582  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0551  hypothetical protein  31.4 
 
 		 944 aa  369  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1217  hypothetical protein  28.41 
 
 		 997 aa  293  8e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2953  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  31.32 
 
 		 1004 aa  124  9e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.5475 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1000  hypothetical protein  29.41 
 
 		 954 aa  77.8  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.330907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3821  hypothetical protein  31.16 
 
 		 953 aa  72.8  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00157336 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0550  hypothetical protein  23.89 
 
 		 766 aa  72  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1290  protein of unknown function DUF323  25.64 
 
 		 1160 aa  66.6  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.286485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1624  hypothetical protein  24.35 
 
 		 646 aa  57  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3711  hypothetical protein  24.89 
 
 		 730 aa  49.7  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0120943  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  28.57 
 
 		 292 aa  48.1  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1974  hypothetical protein  35.9 
 
 		 885 aa  47.8  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>