52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2956 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1521  hypothetical protein  83.65 
 
 		 520 aa  846    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.665568  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0173  hypothetical protein  83.85 
 
 		 520 aa  848    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0132875  normal  0.889008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2956  PAS domain-containing protein  100 
 
 		 520 aa  1025    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0889677  normal  0.0630855 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3433  putative PAS/PAC sensor protein  46.26 
 
 		 434 aa  331  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2778  putative PAS/PAC sensor protein  45.67 
 
 		 531 aa  329  8e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.866604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2841  hypothetical protein  38.93 
 
 		 516 aa  326  7e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4061  putative PAS/PAC sensor protein  42.49 
 
 		 549 aa  303  7.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.313546 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 829 aa  144  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.572947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0500  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 		 830 aa  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.919247  hitchhiker  0.00131243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 		 830 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0705844  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4432  ATPase domain-containing protein  31.1 
 
 		 846 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.645763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4896  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 842 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1354  sensor histidine kinase  28.18 
 
 		 824 aa  125  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 		 770 aa  123  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0045  histidine kinase  24.76 
 
 		 838 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0082  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 		 837 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 		 857 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485802  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_004310  BR2099  sensory box histidine kinase, putative  27.32 
 
 		 859 aa  121  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.320612  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0085  putative sensor histidine kinase  25 
 
 		 835 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.376568 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2016  putative sensory box histidine kinase  27.32 
 
 		 837 aa  121  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.377194  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0821  histidine kinase  26.4 
 
 		 858 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0207  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.65 
 
 		 837 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.749864  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3296  histidine kinase  28.82 
 
 		 837 aa  118  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.584314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0624  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.75 
 
 		 837 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0348163  normal  0.542065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.52 
 
 		 861 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.235165  normal  0.571653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4290  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 		 861 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.731111  normal  0.889005 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0050  two component sensor kinase  25.4 
 
 		 911 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0742  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 862 aa  110  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0667  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 		 859 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3963  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 		 861 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0053  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.66 
 
 		 838 aa  107  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3246  histidine kinase  25.45 
 
 		 826 aa  107  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0382  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.42 
 
 		 843 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2675  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.76 
 
 		 798 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0588  histidine kinase  27.54 
 
 		 903 aa  99  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3577  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 		 843 aa  99.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.69 
 
 		 782 aa  89.4  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0262543  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3443  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 		 801 aa  88.6  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0162  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 		 787 aa  78.2  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.842242  normal  0.67921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.18 
 
 		 1603 aa  55.1  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  24.57 
 
 		 1055 aa  53.5  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  24.57 
 
 		 1177 aa  52.4  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  24.57 
 
 		 1147 aa  48.9  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.65 
 
 		 727 aa  48.5  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0252521 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.37 
 
 		 827 aa  48.5  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.52 
 
 		 510 aa  47.8  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.94557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  23.58 
 
 		 1148 aa  45.1  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.71 
 
 		 1264 aa  44.3  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1477  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.48 
 
 		 511 aa  44.3  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.4 
 
 		 743 aa  43.9  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1952  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.42 
 
 		 545 aa  43.5  0.009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  20.72 
 
 		 1036 aa  43.5  0.01  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>