More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0053 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 2902 bp  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 2902 bp  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 2902 bp  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 2902 bp  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 2902 bp  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 2902 bp  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 2902 bp  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  83.75 
 
 		 2904 bp  664    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  83.75 
 
 		 2904 bp  664    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 2908 bp  2369    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 2908 bp  2369    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 2809 bp  2278    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2903 bp  662    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0019  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2820 bp  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0050  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2820 bp  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0060  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2820 bp  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.996715  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0073  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2820 bp  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0081  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2820 bp  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0084  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2820 bp  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 2829 bp  4601    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 		 2913 bp  658    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 		 2913 bp  658    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2892 bp  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2892 bp  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2892 bp  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2892 bp  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2892 bp  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2892 bp  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 2883 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 2883 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  84.86 
 
 		 2882 bp  1122    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  97.46 
 
 		 2830 bp  5023    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 2783 bp  1756    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 2783 bp  1756    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 2783 bp  1756    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 3384 bp  1178    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 2872 bp  686    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 2872 bp  686    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  95.78 
 
 		 2847 bp  4347    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  95.82 
 
 		 2847 bp  4355    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0053  23S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 2918 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0005  23S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 2918 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 2811 bp  716    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0039  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2921 bp  1201    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.409149 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0066  23S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 2918 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.349554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0060  23S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 2918 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0058  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2921 bp  1201    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0066  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2921 bp  1201    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0051  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2921 bp  1201    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0010  23S ribosomal RNA  83.75 
 
 		 2878 bp  670    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0250239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S2  23S ribosomal RNA  96.75 
 
 		 2859 bp  4522    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143049  normal  0.544061 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1582  23S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 2931 bp  2377    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1018  23S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 2931 bp  2377    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S1  23S ribosomal RNA  96.75 
 
 		 2859 bp  4520    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0804967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1790  23S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 2931 bp  2377    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0829238  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 2905 bp  642    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0045  23S ribosomal RNA  87.51 
 
 		 2736 bp  1112    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.351747  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  97.21 
 
 		 2832 bp  4966    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  97.21 
 
 		 2832 bp  4966    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  95.7 
 
 		 2863 bp  4339    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0051  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2818 bp  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0061  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2818 bp  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0033  23S ribosomal RNA  87.51 
 
 		 2736 bp  1112    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0078  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2818 bp  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.255899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  85.04 
 
 		 2784 bp  1721    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 2875 bp  2462    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 2875 bp  2462    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2898 bp  696    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2898 bp  696    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 2774 bp  850    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0040  23S ribosomal RNA  86.26 
 
 		 2843 bp  1292    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.702557  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0261  23S ribosomal RNA  89.69 
 
 		 2820 bp  1314    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r2  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 2818 bp  1291    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00999234  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0005  23S ribosomal RNA  86.26 
 
 		 2843 bp  1292    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 2774 bp  850    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 2774 bp  850    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 2811 bp  716    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1083  23S ribosomal RNA  89.69 
 
 		 2820 bp  1314    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.494767  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  87.16 
 
 		 2747 bp  1485    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  87.16 
 
 		 2747 bp  1485    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 2891 bp  702    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  84.37 
 
 		 2891 bp  710    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>