83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4679 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4679  YciI-like protein  100 
 
 		 98 aa  203  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0189989  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3760  YciI-like protein  68.37 
 
 		 98 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067977 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0330  YciI-like protein  64.89 
 
 		 98 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3941  YciI-like protein  65.31 
 
 		 98 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0697626  normal  0.0807548 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3696  YciI-like protein  42.68 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4017  YciI-like protein  44.05 
 
 		 97 aa  60.1  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1342  YCII-related  36.36 
 
 		 94 aa  60.1  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000378288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0037  YCII-related  37.36 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4078  YCII-related  38.37 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0094  YCII-related protein  31.76 
 
 		 107 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2831  YciI-like protein  34.57 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3413  YCII-related domain protein  36.14 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3572  YciI-like protein  34.78 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.689182  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1924  YciI-like protein  36.46 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0914031  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22780  YciI-like protein  36.46 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.064842 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2112  YCII-related  36.08 
 
 		 101 aa  52  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000414842  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1818  YciI-like protein  36.59 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0636505  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2083  YCII-related protein  32.56 
 
 		 188 aa  50.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1890  YciI-like protein  36.59 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0115  YCII-related  42.86 
 
 		 93 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.011377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2916  YciI-like protein  34.57 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0990544  normal  0.0892164 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7466  hypothetical protein  28.09 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2936  YCII-related  31.91 
 
 		 97 aa  48.9  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366062 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2288  YciI-like protein  32.65 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.896099  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3588  YciI-like protein  32.29 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.324213  normal  0.960338 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2397  YCII-related protein  31.63 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00577394  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2376  YciI-like protein  31.63 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115625  hitchhiker  0.0000012139 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1399  YciI-like protein  31.63 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.278686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1881  YciI-like protein  31.63 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387987 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0972  YciI-like protein  35.37 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01225  predicted enzyme  31.63 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1738  YciI-like protein  31.63 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000940288  normal  0.0139012 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01235  hypothetical protein  31.63 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.947238  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15620  YCII-related domain protein  34.02 
 
 		 99 aa  46.2  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0167748  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1511  YciI-like protein  33.33 
 
 		 90 aa  45.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0163  YciI-like protein  33.33 
 
 		 90 aa  45.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1420  YciI-like protein  31.63 
 
 		 98 aa  45.4  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0374625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1485  YciI-like protein  31.25 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00728644  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2417  YciI-like protein  30.21 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.384464  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1360  YciI-like protein  31.63 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1879  YCII-related  34.38 
 
 		 100 aa  45.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1865  YciI-like protein  30.61 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.270927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1448  YciI-like protein  30.21 
 
 		 99 aa  45.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.127682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1514  YciI-like protein  30.21 
 
 		 99 aa  45.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00336778  normal  0.766184 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1590  YciI-like protein  30.61 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.818061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3036  YciI-like protein  30.21 
 
 		 99 aa  45.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1928  YciI-like protein  30.61 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1871  YciI-like protein  30.61 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.737215  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1504  YciI-like protein  30.21 
 
 		 99 aa  45.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.244911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1408  YciI-like protein  30.61 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278228  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2688  YCII-related  32.29 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1808  hypothetical protein  30.21 
 
 		 99 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2684  YCII-related  31.63 
 
 		 98 aa  44.3  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.112307  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1415  YCII-related  30.34 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000050169 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1010  YCII-related  32.29 
 
 		 100 aa  44.3  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000895007  normal  0.607301 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2671  hypothetical protein  32.05 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1833  YciI-like protein  33.33 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.855778  normal  0.363784 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2904  YCII-related  35.05 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.087124  normal  0.332831 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0705  YCII-related  32.99 
 
 		 99 aa  43.5  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.436463  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3205  YciI-like protein  29.35 
 
 		 98 aa  43.5  0.0009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173506  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0863  YciI-like protein  29.79 
 
 		 99 aa  43.5  0.0009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.235827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2963  YciI-like protein  39.78 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3398  YCII-related  31.63 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000326779  normal  0.427283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2019  YCII-related  32.99 
 
 		 99 aa  41.6  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0263294  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1053  YCII-related  31.25 
 
 		 99 aa  42  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1729  YCII-related protein  28.57 
 
 		 98 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0718  YciI-like protein  30.93 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2186  YCII-related  30.61 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.054491  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16361  hypothetical protein  32.35 
 
 		 102 aa  41.2  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3336  YciI-like protein  29.76 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1945  YCII-related  30.61 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1250  YCII-related  38.57 
 
 		 127 aa  40.8  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.27136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2148  YciI-like protein  28.57 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.432315  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4084  YCII-related  26.83 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1947  YciI-like protein  28.57 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1484  YCII-related  28.09 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2057  YCII-related  28.57 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3433  YCII-related  26.83 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2138  YciI-like protein  27.08 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2851  YCII-related protein  31.58 
 
 		 97 aa  40.4  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4142  YciI-like protein  32.94 
 
 		 97 aa  40  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4138  YciI-like protein  25.27 
 
 		 100 aa  40.4  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1975  YciI-like protein  29.58 
 
 		 109 aa  40  0.01  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>