100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3336 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3336  YciI-like protein  100 
 
 		 94 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1964  YciI-like protein  51.11 
 
 		 98 aa  95.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0268775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3572  YciI-like protein  40.23 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.689182  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1484  YCII-related  38.2 
 
 		 99 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5625  YCII-related  34.83 
 
 		 103 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1342  YCII-related  35.63 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000378288 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6069  YCII-related protein  35.23 
 
 		 103 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1508  YciI-like protein  40.24 
 
 		 101 aa  62.4  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0349  YCII-related  36.56 
 
 		 93 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117394  normal  0.0868424 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5217  YCII-related  34.09 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.967881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3379  YCII-related  34.09 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.614146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4084  YCII-related  34.09 
 
 		 103 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3433  YCII-related  34.09 
 
 		 103 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2736  hypothetical protein  34.09 
 
 		 103 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0209633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2916  YciI-like protein  32.97 
 
 		 90 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0990544  normal  0.0892164 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2936  YCII-related  35.63 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366062 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1511  YciI-like protein  32.97 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0163  YciI-like protein  32.97 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0037  YCII-related  36.78 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1945  YCII-related  35.42 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3413  YCII-related domain protein  33.33 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0863  YciI-like protein  34.48 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.235827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2831  YciI-like protein  31.87 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4138  YciI-like protein  28.74 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1098  hypothetical protein  31.82 
 
 		 114 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3906  YCII-related domain-containing protein  31.46 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.63147  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2848  YCII-related protein  29.67 
 
 		 128 aa  50.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413874  normal  0.43618 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2000  YCII-related  28.09 
 
 		 91 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2019  YCII-related  30.21 
 
 		 99 aa  50.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0263294  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3696  YciI-like protein  31.46 
 
 		 97 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5729  YciI-like protein  30.38 
 
 		 98 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.714875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1115  YciI-like protein  26.58 
 
 		 101 aa  50.4  0.000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.176684  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2288  YciI-like protein  33.33 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.896099  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2963  YciI-like protein  33.71 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4017  YciI-like protein  30.34 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22780  YciI-like protein  30.21 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.064842 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1040  yciL protein  31.25 
 
 		 192 aa  48.1  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1924  YciI-like protein  30.21 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0914031  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1360  YciI-like protein  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1399  YciI-like protein  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.278686  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2397  YCII-related protein  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00577394  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01225  predicted enzyme  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1881  YciI-like protein  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387987 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2376  YciI-like protein  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115625  hitchhiker  0.0000012139 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0544  YciI-like protein  33.72 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01235  hypothetical protein  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.947238  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1738  YciI-like protein  30.21 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000940288  normal  0.0139012 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1420  YciI-like protein  30.21 
 
 		 98 aa  47  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0374625  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3205  YciI-like protein  32.22 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173506  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7466  hypothetical protein  28.24 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1459  YCII-related protein  26.04 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4078  YCII-related  29.67 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1947  YciI-like protein  30.61 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1871  YciI-like protein  28.12 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.737215  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2684  YCII-related  29.79 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.112307  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1928  YciI-like protein  28.12 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1590  YciI-like protein  28.12 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.818061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1408  YciI-like protein  28.12 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278228  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2148  YciI-like protein  30.61 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.432315  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1865  YciI-like protein  28.12 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.270927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2057  YCII-related  30.61 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2851  YCII-related protein  32.18 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2186  YCII-related  29.17 
 
 		 98 aa  44.7  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.054491  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3760  YciI-like protein  30.95 
 
 		 98 aa  43.9  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067977 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1818  YciI-like protein  31.18 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0636505  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1879  YCII-related  27.55 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0330  YciI-like protein  26.97 
 
 		 98 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0705  YCII-related  30.21 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.436463  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1890  YciI-like protein  31.18 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1987  YciI-like protein  31.11 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000630595 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1145  YciI-like protein  27.08 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0972  YciI-like protein  31.18 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3036  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06080  hypothetical protein  31.52 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1448  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.127682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1514  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00336778  normal  0.766184 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0094  YCII-related protein  29.35 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1504  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.244911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1010  YCII-related  27.08 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000895007  normal  0.607301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0115  YCII-related  34.12 
 
 		 93 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.011377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1729  YCII-related protein  28.72 
 
 		 98 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0787  YCII-related  32.93 
 
 		 98 aa  41.6  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4142  YciI-like protein  33.71 
 
 		 97 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2399  YciI-like protein  29.21 
 
 		 92 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1306  YciI-like protein  28.12 
 
 		 98 aa  41.6  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000114962  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1461  YciI-like protein  29.21 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2688  YCII-related  27.08 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1808  hypothetical protein  27.66 
 
 		 99 aa  41.2  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1485  YciI-like protein  27.66 
 
 		 99 aa  41.2  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00728644  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2487  YciI-like protein  28.09 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.194042  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15620  YCII-related domain protein  27.08 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0167748  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4760  YCII-related  33.87 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0861081  hitchhiker  0.000000338783 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2417  YciI-like protein  28.57 
 
 		 99 aa  40.4  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.384464  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2294  YCII-related protein  30.21 
 
 		 98 aa  40.4  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724266  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2714  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0349915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3588  YciI-like protein  28.72 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.324213  normal  0.960338 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2736  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000268578  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2815  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000129416  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1650  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000239364  hitchhiker  0.0000000000431009 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2195  YCII-related protein  33.78 
 
 		 94 aa  40  0.01  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>