136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3572 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3572  YciI-like protein  100 
 
 		 96 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.689182  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2936  YCII-related  48.35 
 
 		 97 aa  88.2  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366062 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1342  YCII-related  47.87 
 
 		 94 aa  87.4  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000378288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2831  YciI-like protein  53.26 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3413  YCII-related domain protein  50.54 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2916  YciI-like protein  48.91 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0990544  normal  0.0892164 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1511  YciI-like protein  48.91 
 
 		 90 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0163  YciI-like protein  48.91 
 
 		 90 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4078  YCII-related  47.83 
 
 		 90 aa  77.8  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3696  YciI-like protein  41.49 
 
 		 97 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0972  YciI-like protein  48.96 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1484  YCII-related  43.82 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3336  YciI-like protein  40.23 
 
 		 94 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_004310  BR1890  YciI-like protein  48.39 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3205  YciI-like protein  41.49 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173506  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1818  YciI-like protein  48.39 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0636505  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4017  YciI-like protein  38.95 
 
 		 97 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4142  YciI-like protein  46.32 
 
 		 97 aa  71.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1115  YciI-like protein  35.42 
 
 		 101 aa  71.6  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.176684  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0863  YciI-like protein  40.62 
 
 		 99 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.235827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4138  YciI-like protein  36.46 
 
 		 100 aa  67  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0037  YCII-related  40.62 
 
 		 97 aa  66.6  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1964  YciI-like protein  40.91 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0268775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3760  YciI-like protein  38.89 
 
 		 98 aa  62  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067977 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3906  YCII-related domain-containing protein  43.01 
 
 		 103 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.63147  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0330  YciI-like protein  39.77 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0349  YCII-related  36.67 
 
 		 93 aa  60.5  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117394  normal  0.0868424 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2851  YCII-related protein  46.15 
 
 		 97 aa  60.1  0.000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5625  YCII-related  39.36 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161599 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3379  YCII-related  38.14 
 
 		 103 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.614146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1945  YCII-related  33.67 
 
 		 98 aa  59.3  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2963  YciI-like protein  40 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6069  YCII-related protein  37.11 
 
 		 103 aa  58.2  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2736  hypothetical protein  36.84 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0209633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7466  hypothetical protein  33.7 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5217  YCII-related  37.11 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.967881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4084  YCII-related  37.11 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2083  YCII-related protein  34.07 
 
 		 188 aa  57.4  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3433  YCII-related  37.11 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5221  YCII-related  35.64 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2112  YCII-related  33.67 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000414842  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1269  YciI-like protein  32.65 
 
 		 98 aa  54.3  0.0000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1098  hypothetical protein  38.3 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2019  YCII-related  30.61 
 
 		 99 aa  53.5  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0263294  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1716  YciI-like protein  33.67 
 
 		 99 aa  53.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0115  YCII-related  36.26 
 
 		 93 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.011377  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1645  hypothetical protein  30.93 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.290819  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22780  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.064842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1924  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0914031  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1459  YCII-related protein  32.63 
 
 		 109 aa  51.6  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1879  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1947  YciI-like protein  29.59 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2148  YciI-like protein  29.59 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.432315  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2057  YCII-related  29.59 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1485  YciI-like protein  33.67 
 
 		 99 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00728644  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1639  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  51.6  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3588  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.324213  normal  0.960338 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4502  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1410  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0448344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1508  YciI-like protein  32.99 
 
 		 101 aa  50.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2848  YCII-related protein  31.52 
 
 		 128 aa  50.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413874  normal  0.43618 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1040  yciL protein  33.67 
 
 		 192 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3791  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000137608 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4760  YCII-related  36.14 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0861081  hitchhiker  0.000000338783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1053  YCII-related  27.55 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3941  YciI-like protein  37.5 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0697626  normal  0.0807548 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02294  hypothetical protein  36.17 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02770  YciI-like protein  28.57 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2684  YCII-related  30.61 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.112307  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1808  hypothetical protein  31.63 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2904  YCII-related  31.63 
 
 		 100 aa  49.3  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.087124  normal  0.332831 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1010  YCII-related  29.59 
 
 		 100 aa  49.3  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000895007  normal  0.607301 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2294  YCII-related protein  31.63 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724266  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1399  YciI-like protein  30.3 
 
 		 98 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.278686  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07894  conserved hypothetical protein  30.39 
 
 		 110 aa  48.9  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01225  predicted enzyme  30.3 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2397  YCII-related protein  30.3 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00577394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2399  YciI-like protein  35.87 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1738  YciI-like protein  30.3 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000940288  normal  0.0139012 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2417  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.384464  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01235  hypothetical protein  30.3 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.947238  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2376  YciI-like protein  30.3 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115625  hitchhiker  0.0000012139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1881  YciI-like protein  30.3 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387987 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1420  YciI-like protein  30.3 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0374625  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1461  YciI-like protein  35.87 
 
 		 92 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2926  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0111785  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2316  YCII-related domain-containing protein  29.59 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2487  YciI-like protein  31.91 
 
 		 92 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.194042  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4693  YCII-related  36.05 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4679  YciI-like protein  34.52 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0189989  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2186  YCII-related  29.59 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.054491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3036  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  47  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1448  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.127682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1514  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00336778  normal  0.766184 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1729  YCII-related protein  32.65 
 
 		 98 aa  47  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1504  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  47  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.244911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1360  YciI-like protein  30.3 
 
 		 98 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1233  YCII-related  28.57 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000791191  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1994  YCII-related protein  30.61 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2262  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>