36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3178 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3178  putative ATP binding protein  100 
 
 		 496 aa  1021    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.033124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2778  hypothetical protein  22.68 
 
 		 490 aa  72.4  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000124034  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2294  hypothetical protein  23.65 
 
 		 549 aa  64.7  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.646796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2370  AAA ATPase  21.09 
 
 		 454 aa  58.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2392  hypothetical protein  25.75 
 
 		 486 aa  58.5  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0546417  hitchhiker  0.00518189 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1454  ATPase  27.84 
 
 		 597 aa  57.8  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0843  ATPase  27.75 
 
 		 602 aa  54.3  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000396112  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1750  ATPase  34.48 
 
 		 515 aa  50.8  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.52576  normal  0.584982 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4129  hypothetical protein  30.05 
 
 		 708 aa  50.8  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0203002 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0155  AAA ATPase  24.64 
 
 		 544 aa  48.9  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.754147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3546  AAA ATPase  21.43 
 
 		 573 aa  48.5  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0847793  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0181  ATPase  43.59 
 
 		 457 aa  47.8  0.0004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.269249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0211  ATPase  39.24 
 
 		 586 aa  48.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0158049  hitchhiker  0.00000676149 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1873  hypothetical protein  27.27 
 
 		 408 aa  47.4  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2545  ATPase-like  28.38 
 
 		 419 aa  47  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000977998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1288  SMC domain protein  28.12 
 
 		 417 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0947514  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0629  AAA ATPase  41.67 
 
 		 446 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3739  hypothetical protein  30 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1784  ATPase-like protein  30.56 
 
 		 459 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00463649  normal  0.498848 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0945  ATPase  44.93 
 
 		 448 aa  45.4  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.33 
 
 		 365 aa  45.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0103  ATPase  45.59 
 
 		 423 aa  44.7  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  39.44 
 
 		 360 aa  44.7  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  39.44 
 
 		 360 aa  44.7  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  39.44 
 
 		 360 aa  44.7  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  39.44 
 
 		 360 aa  44.3  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3220  hypothetical protein  32.86 
 
 		 429 aa  44.3  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.309685  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0493  hypothetical protein  30.53 
 
 		 532 aa  43.9  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068743  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2733  hypothetical protein  26.24 
 
 		 465 aa  44.3  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0286809  normal  0.420711 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0049  prophage Lp2 protein 4  28.46 
 
 		 558 aa  43.9  0.007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.19169  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003897  hypothetical protein  28.97 
 
 		 643 aa  43.5  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  26.15 
 
 		 695 aa  43.5  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  27.71 
 
 		 642 aa  43.5  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4526  hypothetical protein  28.57 
 
 		 452 aa  43.5  0.01  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1796  hypothetical protein  28 
 
 		 676 aa  43.1  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0224  ATPase  32.48 
 
 		 352 aa  43.1  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0363611 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>