60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3790 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3790  hypothetical protein  100 
 
 
82 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.142548 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4036  hypothetical protein  90.24 
 
 
83 aa  156  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1674  hypothetical protein  84.15 
 
 
82 aa  145  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.477386  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1236  hypothetical protein  61.33 
 
 
85 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000489654  unclonable  0.0000000165083 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0511  hypothetical protein  50.67 
 
 
79 aa  83.6  8e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.477977  normal  0.740895 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2295  hypothetical protein  51.35 
 
 
80 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000100325  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0266  Protein of unknown function DUF2249  49.32 
 
 
96 aa  77  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2100  hypothetical protein  48 
 
 
78 aa  77  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.123165  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0121  hypothetical protein  43.66 
 
 
80 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000914401  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1791  hypothetical protein  48.57 
 
 
126 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.146981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2767  hypothetical protein  44.29 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.197859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2709  hypothetical protein  44.29 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.9011  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2884  hypothetical protein  44.29 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2405  hypothetical protein  44.29 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1718  hypothetical protein  44.29 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0745976  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2829  hypothetical protein  44.29 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2348  hypothetical protein  47.89 
 
 
89 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4922  hypothetical protein  46.48 
 
 
95 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0412944 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1562  Protein of unknown function DUF2249  49.23 
 
 
77 aa  70.9  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2154  hypothetical protein  46.84 
 
 
83 aa  70.9  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4375  hypothetical protein  48.57 
 
 
95 aa  70.1  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.674673  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3600  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  45.45 
 
 
240 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0723  hypothetical protein  50 
 
 
77 aa  69.3  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0137  hypothetical protein  41.43 
 
 
98 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00160252  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3669  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  45.45 
 
 
240 aa  67.8  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6283  hypothetical protein  45.07 
 
 
105 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0295771  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4720  hypothetical protein  41.89 
 
 
95 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3512  hemerythrin HHE cation binding protein  44.16 
 
 
240 aa  67  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0549925  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2848  hypothetical protein  45.83 
 
 
99 aa  67  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2337  hypothetical protein  45.83 
 
 
99 aa  67  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00153734  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1456  hypothetical protein  42.03 
 
 
86 aa  66.2  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0252  hypothetical protein  48.57 
 
 
94 aa  66.6  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0469  hypothetical protein  38.24 
 
 
75 aa  66.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000487548  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0228  hypothetical protein  48.57 
 
 
94 aa  66.6  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4014  hypothetical protein  39.02 
 
 
96 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.500413  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3274  hypothetical protein  38.89 
 
 
354 aa  65.1  0.0000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.100795 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4127  hypothetical protein  39.02 
 
 
96 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3969  hypothetical protein  42.47 
 
 
96 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.956951  normal  0.0519683 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0493  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  37.5 
 
 
255 aa  61.2  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.253924  normal  0.340868 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2292  hypothetical protein  39.44 
 
 
86 aa  60.1  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0146361  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3980  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  41.43 
 
 
279 aa  59.7  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166749  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0698  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  39.13 
 
 
318 aa  57.4  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.249196  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3486  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  38.57 
 
 
254 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.167785 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23290  hypothetical protein  40.85 
 
 
105 aa  56.2  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03037  hypothetical protein  34.57 
 
 
100 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.374942  normal  0.0219122 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1474  hypothetical protein  39.44 
 
 
89 aa  55.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0782723 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0153  hypothetical protein  39.13 
 
 
99 aa  52.8  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0902  hypothetical protein  36.36 
 
 
174 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.73345 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4862  hypothetical protein  37.68 
 
 
204 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.902851  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5785  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  36.23 
 
 
312 aa  50.8  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1765  Protein of unknown function DUF2249  39.73 
 
 
104 aa  50.4  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.552267  hitchhiker  0.0052734 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4291  hypothetical protein  31.43 
 
 
109 aa  50.4  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1973  hypothetical protein  40 
 
 
77 aa  48.9  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.768292  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1764  Protein of unknown function DUF2249  43.94 
 
 
77 aa  48.5  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0956  Cupin 2 conserved barrel domain protein  53.66 
 
 
180 aa  48.1  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1550  hypothetical protein  51.22 
 
 
77 aa  46.2  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1637  hypothetical protein  36.11 
 
 
106 aa  45.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.613783  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0032  hypothetical protein  39.13 
 
 
98 aa  44.7  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0241551  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1439  cupin 2 domain-containing protein  25 
 
 
199 aa  42.7  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.83171  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4145  hypothetical protein  34.38 
 
 
86 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.441445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>