86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1798 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1798  hypothetical protein  100 
 
 		 153 aa  314  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.000938448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1643  hypothetical protein  81.82 
 
 		 154 aa  259  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.512897  normal  0.627167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5300  hypothetical protein  77.18 
 
 		 166 aa  247  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0118609 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2197  hypothetical protein  73.83 
 
 		 153 aa  237  4e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3912  hypothetical protein  54.86 
 
 		 151 aa  152  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0251  hypothetical protein  50.75 
 
 		 148 aa  126  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.726286  normal  0.319712 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0586  hypothetical protein  49.62 
 
 		 154 aa  124  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.794259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0891  hypothetical protein  48.87 
 
 		 167 aa  124  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0714712  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1898  hypothetical protein  45.33 
 
 		 149 aa  122  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0934802  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0130  hypothetical protein  47.33 
 
 		 143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.548194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5517  hypothetical protein  44.06 
 
 		 147 aa  115  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5361  hypothetical protein  45.07 
 
 		 147 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4268  protein of unknown function DUF1130  43.66 
 
 		 150 aa  111  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.466621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4371  protein of unknown function DUF1130  44.37 
 
 		 150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.201417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3900  hypothetical protein  44.37 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900559  normal  0.203782 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0516  hypothetical protein  46.15 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.597563  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6081  protein of unknown function DUF1130  43.66 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0922  hypothetical protein  39.85 
 
 		 155 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4723  protein of unknown function DUF1130  38.3 
 
 		 157 aa  90.9  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.264076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0127  hypothetical protein  37.32 
 
 		 160 aa  87.8  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2617  protein of unknown function DUF1130  40 
 
 		 146 aa  80.5  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.727406  normal  0.763501 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4240  hypothetical protein  37.5 
 
 		 151 aa  74.7  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0072533  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0304  hypothetical protein  31.47 
 
 		 297 aa  73.6  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  normal  0.186853 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2775  hypothetical protein  33.33 
 
 		 159 aa  73.2  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.278362  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3471  hypothetical protein  35.86 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.646682  normal  0.0531544 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1162  hypothetical protein  31.29 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1109  hypothetical protein  31.76 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.137011  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0629  protein of unknown function DUF1130  30.87 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0773  protein of unknown function DUF1130  32.58 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0457  hypothetical protein  32.86 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3491  hypothetical protein  30.14 
 
 		 190 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30420  hypothetical protein  32.67 
 
 		 199 aa  63.9  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.711369  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1308  hypothetical protein  32.41 
 
 		 224 aa  63.5  0.0000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.164659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2660  protein of unknown function DUF1130  29.93 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3408  hypothetical protein  30.61 
 
 		 307 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3417  hypothetical protein  29.37 
 
 		 171 aa  60.8  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.383582  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4520  hypothetical protein  28.47 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4609  hypothetical protein  29.58 
 
 		 177 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155084  normal  0.570285 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1876  hypothetical protein  30.14 
 
 		 191 aa  57.4  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3555  protein of unknown function DUF1130  29.93 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0015  hypothetical protein  28.67 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1081  hypothetical protein  22.88 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0033  protein of unknown function DUF1130  28.29 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3713  hypothetical protein  31.39 
 
 		 185 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251744  normal  0.149746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4534  protein of unknown function DUF1130  30.67 
 
 		 181 aa  53.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.360408  normal  0.813049 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0626  protein of unknown function DUF1130  27.33 
 
 		 194 aa  52.4  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4634  hypothetical protein  31.37 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.546233 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4341  hypothetical protein  31.37 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449808  normal  0.127657 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4255  hypothetical protein  31.37 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4004  hypothetical protein  29.8 
 
 		 182 aa  52  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.232162 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1426  protein of unknown function DUF1130  33.56 
 
 		 184 aa  52  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000439309  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2773  hypothetical protein  31.3 
 
 		 146 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000000099126  unclonable  0.000000140227 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1437  hypothetical protein  29.05 
 
 		 224 aa  51.6  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2844  protein of unknown function DUF1130  28.39 
 
 		 199 aa  51.6  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000271396  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0743  hypothetical protein  33.61 
 
 		 319 aa  50.8  0.000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0796  protein of unknown function DUF1130  30.2 
 
 		 176 aa  50.4  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1743  protein of unknown function DUF1130  27.66 
 
 		 144 aa  50.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0017  hypothetical protein  35.33 
 
 		 177 aa  50.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3855  hypothetical protein  27.86 
 
 		 178 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.588539  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2541  hypothetical protein  29.14 
 
 		 195 aa  48.9  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2268  hypothetical protein  31.08 
 
 		 162 aa  48.9  0.00003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.124459 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3526  hypothetical protein  28.47 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1029  hypothetical protein  27.61 
 
 		 150 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.14565  normal  0.606102 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3400  hypothetical protein  30.63 
 
 		 161 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000709741  normal  0.10054 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1541  protein of unknown function DUF1130  23.81 
 
 		 178 aa  47.8  0.00006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.931737  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1460  hypothetical protein  30.07 
 
 		 173 aa  47.4  0.00008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1577  hypothetical protein  30.41 
 
 		 180 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0956  hypothetical protein  24.67 
 
 		 198 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.98733 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4854  hypothetical protein  27.34 
 
 		 192 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.388946  normal  0.0401842 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3461  hypothetical protein  27.34 
 
 		 194 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3491  protein of unknown function DUF1130  29.93 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.374497  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4905  hypothetical protein  27.34 
 
 		 194 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.556359  normal  0.961888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3237  hypothetical protein  25.9 
 
 		 191 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0793  hypothetical protein  27.27 
 
 		 198 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.894091 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4926  hypothetical protein  25.9 
 
 		 191 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5381  hypothetical protein  27.34 
 
 		 194 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0782244  normal  0.305931 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4337  hypothetical protein  26.62 
 
 		 192 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0844376  hitchhiker  0.00670192 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0317  hypothetical protein  30.3 
 
 		 102 aa  43.5  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  unclonable  0.0000000000191328  decreased coverage  0.00259322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4695  protein of unknown function DUF1130  25.17 
 
 		 180 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0878626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0781  hypothetical protein  27.21 
 
 		 153 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.588126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3344  protein of unknown function DUF1130  25.37 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3108  hypothetical protein  31.65 
 
 		 106 aa  40.8  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0971254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1069  hypothetical protein  15.86 
 
 		 204 aa  40.8  0.006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000104806  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0124  hypothetical protein  27.07 
 
 		 146 aa  41.2  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1257  hypothetical protein  16.55 
 
 		 204 aa  40.8  0.007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000444267  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3801  hypothetical protein  30.95 
 
 		 154 aa  40.8  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>