236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4697 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5307  methylthioribose-1-phosphate isomerase  88.5 
 
 		 374 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4697  methylthioribose-1-phosphate isomerase  100 
 
 		 374 aa  759    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.293654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4407  methylthioribose-1-phosphate isomerase  95.99 
 
 		 374 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.791642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4936  methylthioribose-1-phosphate isomerase  84.99 
 
 		 373 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0648  methylthioribose-1-phosphate isomerase  78.51 
 
 		 367 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4832  methylthioribose-1-phosphate isomerase  66.67 
 
 		 364 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5890  methylthioribose-1-phosphate isomerase  66.67 
 
 		 364 aa  478  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342096  normal  0.365892 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0665  aIF-2BI family translation initiation factor  64.19 
 
 		 362 aa  468  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.360605  normal  0.588664 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0451  methylthioribose-1-phosphate isomerase  65.01 
 
 		 365 aa  466  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2247  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  65.56 
 
 		 364 aa  464  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679143  normal  0.145902 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3353  translation initiation factor, aIF-2BI family  64.38 
 
 		 366 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0360  methylthioribose-1-phosphate isomerase  66.21 
 
 		 390 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0521  methylthioribose-1-phosphate isomerase  64.36 
 
 		 367 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0674  translation initiation factor, aIF-2BI family  64.74 
 
 		 365 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.0224655 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4113  aIF-2BI family translation initiation factor  65.08 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0662  aIF-2BI family translation initiation factor  63.64 
 
 		 365 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.437714 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6703  translation initiation factor, aIF-2BI family  62.26 
 
 		 364 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1886  methylthioribose-1-phosphate isomerase  64.46 
 
 		 362 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.876537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2386  methylthioribose-1-phosphate isomerase  64.64 
 
 		 364 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0161  methylthioribose-1-phosphate isomerase  65.93 
 
 		 367 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4121  aIF-2BI family translation initiation factor  61.43 
 
 		 367 aa  434  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1050  methylthioribose-1-phosphate isomerase  64.64 
 
 		 364 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.246086  normal  0.396346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6183  aIF-2BI family translation initiation factor  64.66 
 
 		 365 aa  434  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.995024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0641  translation initiation factor, aIF-2BI family  64.19 
 
 		 365 aa  434  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.173819 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25341  methylthioribose-1-phosphate isomerase  60.85 
 
 		 370 aa  412  1e-114  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1913  methylthioribose-1-phosphate isomerase  59.21 
 
 		 375 aa  388  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000486735  normal  0.985387 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1306  eIF-2B alpha/beta/delta-related protein  57.89 
 
 		 369 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0012837  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1971  methylthioribose-1-phosphate isomerase  50.7 
 
 		 359 aa  347  2e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3335  methylthioribose-1-phosphate isomerase  54.7 
 
 		 362 aa  342  8e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000368125 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3292  methylthioribose-1-phosphate isomerase  52.84 
 
 		 356 aa  323  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178535  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3560  translation initiation factor, aIF-2BI family  48.01 
 
 		 357 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1992  translation initiation factor 2B subunit I  47.23 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0621  translation initiation factor 2B subunit I  43.97 
 
 		 342 aa  266  2.9999999999999995e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0997628  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1360  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.48 
 
 		 342 aa  264  1e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0559648  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0676  translation initiation factor, aIF-2BI family  40.68 
 
 		 339 aa  264  2e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0103604  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1543  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.58 
 
 		 333 aa  263  4.999999999999999e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0321135  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4322  aIF-2BI family translation initiation factor  43.86 
 
 		 346 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.394096  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  44.93 
 
 		 343 aa  262  6e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570831  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  44.93 
 
 		 343 aa  262  6e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.339634  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0156  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  48.6 
 
 		 354 aa  262  6.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.232234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0327  methylthioribose-1-phosphate isomerase  45.58 
 
 		 348 aa  261  2e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1519  aIF-2BI family translation initiation factor  43.66 
 
 		 350 aa  260  2e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.889993  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4924  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.76 
 
 		 348 aa  261  2e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.64519  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0332  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.44 
 
 		 348 aa  260  3e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0319  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.73 
 
 		 347 aa  260  3e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0347  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.44 
 
 		 347 aa  260  3e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0379  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.44 
 
 		 348 aa  260  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0072  translation initiation factor 2B subunit I  45.03 
 
 		 346 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.25912 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3816  methylthioribose-1-phosphate isomerase  45.38 
 
 		 350 aa  258  8e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.732544 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3379  aIF-2BI family translation initiation factor  43.86 
 
 		 346 aa  258  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0316  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.16 
 
 		 348 aa  257  2e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0394  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.86 
 
 		 348 aa  257  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3749  putative translation initiation factor, aIF-2BI/5-methylthioribose-1-phosphate isomerase  46.89 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0441  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.19 
 
 		 348 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2349  aIF-2BI family translation initiation factor  47.49 
 
 		 358 aa  256  4e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.944221  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0510  aIF-2BI family translation initiation factor  44.25 
 
 		 346 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0254  aIF-2BI family translation initiation factor  43.06 
 
 		 346 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3596  translation initiation factor, aIF-2BI family  42.86 
 
 		 346 aa  251  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.82629  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1175  translation initiation factor 2B subunit I  45.16 
 
 		 354 aa  249  5e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4687  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.03 
 
 		 350 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0485  aIF-2BI family translation initiation factor  45.92 
 
 		 353 aa  248  9e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.646058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3753  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.32 
 
 		 346 aa  246  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4334  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  45.35 
 
 		 337 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0648  aIF-2BI family translation initiation factor  45.54 
 
 		 348 aa  246  6e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.674044  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3646  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.19 
 
 		 346 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0810  aIF-2BI family translation initiation factor  42.13 
 
 		 349 aa  245  9.999999999999999e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4159  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.66 
 
 		 351 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.109098  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1643  translation initiation factor  41.48 
 
 		 344 aa  243  3.9999999999999997e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.226672  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3789  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.66 
 
 		 351 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.700016  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4053  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.66 
 
 		 351 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3544  methylthioribose-1-phosphate isomerase  41.47 
 
 		 347 aa  242  9e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3942  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.89 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4251  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.89 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1944  translation initiation factor 2B subunit I  43.8 
 
 		 352 aa  242  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00466755  normal  0.570212 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4098  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.44 
 
 		 351 aa  241  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.463174  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3774  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.39 
 
 		 351 aa  241  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2613  translation initiation factor, aIF-2BI family  40.7 
 
 		 349 aa  241  2e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1971  translation initiation factor, aIF-2BI family  43.84 
 
 		 345 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00568517  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0076  translation initiation factor 2B subunit I  45.24 
 
 		 355 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0027  aIF-2BI family translation initiation factor  42.2 
 
 		 337 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2078  methylthioribose-1-phosphate isomerase  40 
 
 		 353 aa  238  9e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.424406 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00735  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.13 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214802  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1844  initiation factor 2B alpha/beta/delta  45.1 
 
 		 335 aa  238  2e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0846  methylthioribose-1-phosphate isomerase  41.18 
 
 		 356 aa  237  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1203  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.45 
 
 		 358 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0964  translation initiation factor, aIF-2BI family  44.32 
 
 		 351 aa  236  4e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.518904  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0978  translation initiation factor 2B subunit I  42.07 
 
 		 338 aa  236  4e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0893546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4139  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.39 
 
 		 353 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.196624  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0865  aIF-2BI family translation initiation factor  42.32 
 
 		 321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0114166 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1791  translation initiation factor 2B subunit I  41.16 
 
 		 321 aa  235  8e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0419  translation initiation factor 2B subunit I family (IF-2BI)  39.71 
 
 		 347 aa  235  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.04546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1099  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.39 
 
 		 353 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.767768 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0893  translation initiation factor, putative, aIF-2BI family  43.71 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.592347  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1015  translation initiation factor, aIF-2BI family  43.71 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.253315  unclonable  0.0000000000388932 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0927  aIF-2BI family translation initiation factor  41.86 
 
 		 323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2877  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized proteins  44 
 
 		 350 aa  233  5e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0999  aIF-2BI family translation initiation factor  43.73 
 
 		 327 aa  232  7.000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.260098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2312  translation initiation factor, aIF-2BI family  43.62 
 
 		 378 aa  232  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1840  aIF-2BI family translation initiation factor  40.34 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.635739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2064  aIF-2BI family translation initiation factor  45.27 
 
 		 346 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000777983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>