51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2021 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2021  YcfA-like  100 
 
 		 64 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.210595 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2546  YcfA family protein  66.07 
 
 		 60 aa  79.7  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.163149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2674  YcfA family protein  61.02 
 
 		 60 aa  74.7  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232678  normal  0.169693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2644  YcfA family protein  59.65 
 
 		 67 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.700333  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1634  hypothetical protein  58.93 
 
 		 60 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1999  hypothetical protein  57.89 
 
 		 59 aa  72  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00856081  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2075  YcfA family protein  57.63 
 
 		 61 aa  71.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.547184  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3798  YcfA family protein  51.72 
 
 		 60 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1395  hypothetical protein  50.82 
 
 		 61 aa  67.4  0.00000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2932  YcfA family protein  51.72 
 
 		 60 aa  67  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2527  YcfA-like  53.23 
 
 		 65 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2771  YcfA family protein  48.39 
 
 		 68 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.235581  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1077  YcfA-like protein  57.14 
 
 		 59 aa  65.5  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.615888  normal  0.167749 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0172  YcfA family protein  48.21 
 
 		 59 aa  63.5  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6578  YcfA family protein  48.21 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000196737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1325  YcfA family protein  50 
 
 		 59 aa  63.9  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0136  hypothetical protein  44.83 
 
 		 60 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.60597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1587  hypothetical protein  49.15 
 
 		 71 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2094  YcfA family protein  50.82 
 
 		 63 aa  60.1  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.432616  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0035  hypothetical protein  51.79 
 
 		 65 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.151222  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1739  hypothetical protein  50 
 
 		 64 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650653  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2884  YcfA family protein  53.33 
 
 		 54 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1017  YcfA family protein  45.76 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0566  YcfA-like  51.72 
 
 		 84 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4059  YcfA family protein  47.54 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.42993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2666  YcfA family protein  47.37 
 
 		 62 aa  54.3  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000153756  normal  0.80145 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2252  hypothetical protein  43.86 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0757949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5078  hypothetical protein  44.83 
 
 		 73 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.63147  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0047  YcfA family protein  49.21 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000425869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3658  YcfA family protein  43.1 
 
 		 71 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.537249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1451  YcfA family protein  42.11 
 
 		 65 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0848  YcfA family protein  38.33 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.230589 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1838  hypothetical protein  42.37 
 
 		 65 aa  47.8  0.00006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2880  YcfA family protein  32.26 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0224984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1661  hypothetical protein  39.34 
 
 		 62 aa  45.4  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3622  YcfA family protein  40 
 
 		 63 aa  45.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2273  YcfA family protein  43.1 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2486  YcfA family protein  40 
 
 		 63 aa  45.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3238  YcfA family protein  35.09 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3307  hypothetical protein  38.71 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0971  hypothetical protein  38.71 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3438  YcfA family protein  38.71 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4579  YcfA-like  40 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2121  hypothetical protein  33.96 
 
 		 80 aa  42.7  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0116167  normal  0.982172 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1951  YcfA family protein  38.6 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.508484 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1936  YcfA family protein  36.84 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.797457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3128  YcfA family protein  41.38 
 
 		 64 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.195816 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3343  YcfA family protein  43.86 
 
 		 62 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.429453  decreased coverage  0.00934326 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0586  YcfA-like  36.21 
 
 		 64 aa  41.6  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.143835  normal  0.995132 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1322  YcfA-like  35 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4319  YcfA-like  37.93 
 
 		 64 aa  40.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.354347  normal  0.349862 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>