38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1587 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1587  hypothetical protein  100 
 
 
71 aa  147  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103536  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1634  hypothetical protein  67.8 
 
 
60 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1325  YcfA family protein  57.63 
 
 
59 aa  75.5  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1999  hypothetical protein  61.02 
 
 
59 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00856081  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0172  YcfA family protein  55.93 
 
 
59 aa  73.6  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2644  YcfA family protein  57.41 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.700333  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2546  YcfA family protein  54.24 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.163149  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6578  YcfA family protein  50.85 
 
 
64 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000196737  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2075  YcfA family protein  55 
 
 
61 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.547184  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3798  YcfA family protein  49.15 
 
 
60 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1077  YcfA-like protein  52.54 
 
 
59 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.615888  normal  0.167749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2021  YcfA-like  49.15 
 
 
64 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.210595 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2674  YcfA family protein  50.85 
 
 
60 aa  60.8  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.232678  normal  0.169693 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0136  hypothetical protein  47.46 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60597 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2932  YcfA family protein  50.85 
 
 
60 aa  60.8  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2771  YcfA family protein  43.33 
 
 
68 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.235581  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2527  YcfA-like  52.54 
 
 
65 aa  58.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1395  hypothetical protein  46.67 
 
 
61 aa  57  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571256  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1017  YcfA family protein  47.37 
 
 
69 aa  55.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2094  YcfA family protein  51.67 
 
 
63 aa  55.5  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.432616  normal 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0043  hypothetical protein  51.67 
 
 
60 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475275  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2884  YcfA family protein  56.82 
 
 
54 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0047  YcfA family protein  50 
 
 
66 aa  53.9  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000425869  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2252  hypothetical protein  40.35 
 
 
65 aa  53.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0757949  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0566  YcfA-like  44.07 
 
 
84 aa  51.6  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2880  YcfA family protein  38.71 
 
 
69 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0224984  normal 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0035  hypothetical protein  44.07 
 
 
65 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.151222  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2666  YcfA family protein  42.37 
 
 
62 aa  50.8  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000153756  normal  0.80145 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3238  YcfA family protein  38.71 
 
 
69 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4059  YcfA family protein  45.61 
 
 
65 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.42993  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5078  hypothetical protein  40.68 
 
 
73 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.63147  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4681  YcfA family protein  46.03 
 
 
60 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1838  hypothetical protein  35.94 
 
 
65 aa  47.4  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4579  YcfA-like  38.71 
 
 
78 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3343  YcfA family protein  45.61 
 
 
62 aa  43.9  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.429453  decreased coverage  0.00934326 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1739  hypothetical protein  37.29 
 
 
64 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650653  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1451  YcfA family protein  38.6 
 
 
65 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3658  YcfA family protein  37.1 
 
 
71 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.537249  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>