83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5402 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5402  import inner membrane translocase subunit Tim44  100 
 
 		 284 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5353  hypothetical protein  96.47 
 
 		 284 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116139  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5261  import inner membrane translocase, subunit Tim44  96.83 
 
 		 297 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5131  import inner membrane translocase subunit Tim44  94.37 
 
 		 284 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.499992  normal  0.12698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5517  hypothetical protein  78.52 
 
 		 280 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5646  import inner membrane translocase, subunit Tim44  73.81 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5066  import inner membrane translocase, subunit Tim44  78.17 
 
 		 281 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72930  hypothetical protein  74.65 
 
 		 285 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6329  hypothetical protein  73.87 
 
 		 281 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00430  Tim44-like domain protein  68.84 
 
 		 284 aa  361  6e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.924994  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4517  import inner membrane translocase, subunit Tim44  74.39 
 
 		 284 aa  342  5e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1898  import inner membrane translocase subunit Tim44  43.16 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.859506  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0214  import inner membrane translocase, subunit Tim44  33.33 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.525387  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3047  import inner membrane translocase, subunit Tim44  36.71 
 
 		 272 aa  142  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0375  import inner membrane translocase subunit Tim44  33.66 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3607  import inner membrane translocase, subunit Tim44  34.68 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4117  import inner membrane translocase subunit Tim44  34.01 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4001  import inner membrane translocase subunit Tim44  34.34 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3925  import inner membrane translocase subunit Tim44  34.34 
 
 		 287 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4024  import inner membrane translocase subunit Tim44  34.34 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.149443  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1550  hypothetical protein  32.53 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0535221  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0554  Tim44-like domain-contain protein  34.06 
 
 		 340 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3119  hypothetical protein  34.92 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0668  Tim44-like domain-containing protein  34.35 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3229  import inner membrane translocase subunit Tim44  32.87 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000053282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0650  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.87 
 
 		 330 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.983868 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2096  hypothetical protein  33.33 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0739383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2399  hypothetical protein  33.96 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2759  hypothetical protein  33.96 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2319  hypothetical protein  33.96 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0845  transmembrane protein  34.8 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.376855  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0187  hypothetical protein  33.96 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4049  hypothetical protein  30.74 
 
 		 330 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0568  import inner membrane translocase subunit Tim44  33.12 
 
 		 340 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0684  Tim44-like domain-containing protein  34.91 
 
 		 323 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4340  hypothetical protein  35.05 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4035  import inner membrane translocase, subunit Tim44  35.07 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2731  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.79 
 
 		 343 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767216  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2119  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.79 
 
 		 343 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434025  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1004  putative transport protein  32.57 
 
 		 316 aa  108  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2758  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.79 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.778073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0432  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.31 
 
 		 327 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004023  hypothetical protein  30.87 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000578853  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6058  putative transporter  30.41 
 
 		 344 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0990  import inner membrane translocase, subunit Tim44  35.69 
 
 		 295 aa  102  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2649  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.19 
 
 		 344 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.331938  normal  0.299083 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01439  hypothetical protein  30.27 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2782  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.97 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2065  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.72 
 
 		 320 aa  98.6  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2861  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.62 
 
 		 308 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0372  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.66 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18784  normal  0.460564 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0349  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.76 
 
 		 339 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.415982 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1319  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.27 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000259831  hitchhiker  0.00890559 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2676  hypothetical protein  28.67 
 
 		 270 aa  79  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0218  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.56 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2548  hypothetical protein  28.32 
 
 		 270 aa  77.4  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2780  hypothetical protein  31.85 
 
 		 273 aa  77.8  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.300996 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1256  hypothetical protein  26.79 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1896  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.9 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0839059  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1110  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.48 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.354142  normal  0.0303721 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1736  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.82 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000113621  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1601  import inner membrane translocase subunit Tim44  26.13 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0861  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.89 
 
 		 333 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0675238 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2523  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.06 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0253878 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0782  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.07 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0538  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.95 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2192  hypothetical protein  29.58 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0459  hypothetical protein  29.51 
 
 		 356 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.923223 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0334  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.75 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.946204  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1091  putative lipoprotein  30.14 
 
 		 321 aa  67  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000494647  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1292  import inner membrane translocase, subunit Tim44  24.26 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.268135  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3643  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.2 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.115775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0303  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.71 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000256366  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0773  hypothetical protein  30.19 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4128  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.42 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0106946  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0797  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.66 
 
 		 335 aa  58.9  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0868  import inner membrane translocase, subunit Tim44  27.66 
 
 		 335 aa  58.9  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1927  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.48 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000885618  normal  0.873638 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5460  import inner membrane translocase subunit Tim44  28 
 
 		 338 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.258661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3566  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.22 
 
 		 317 aa  46.6  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000205074  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1284  import inner membrane translocase subunit Tim44  24.04 
 
 		 318 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.45671e-16 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1788  import inner membrane translocase, subunit Tim44  24.53 
 
 		 341 aa  42.7  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000825798  normal  0.448103 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0482  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.71 
 
 		 331 aa  42.4  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110353  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>