85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5517 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5517  hypothetical protein  100 
 
 
280 aa  567  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5066  import inner membrane translocase, subunit Tim44  96.09 
 
 
281 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5646  import inner membrane translocase, subunit Tim44  74.66 
 
 
292 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0169336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5353  hypothetical protein  76.68 
 
 
284 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116139  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72930  hypothetical protein  73.87 
 
 
285 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6329  hypothetical protein  73.33 
 
 
281 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5131  import inner membrane translocase subunit Tim44  76.41 
 
 
284 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.499992  normal  0.12698 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5402  import inner membrane translocase subunit Tim44  76.06 
 
 
284 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5261  import inner membrane translocase, subunit Tim44  75.35 
 
 
297 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00430  Tim44-like domain protein  67.36 
 
 
284 aa  351  8e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.924994  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4517  import inner membrane translocase, subunit Tim44  72.63 
 
 
284 aa  345  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0214  import inner membrane translocase, subunit Tim44  35.27 
 
 
306 aa  159  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.525387  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1898  import inner membrane translocase subunit Tim44  38.89 
 
 
295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.859506  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0375  import inner membrane translocase subunit Tim44  33.76 
 
 
331 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.473985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3607  import inner membrane translocase, subunit Tim44  35.84 
 
 
291 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3047  import inner membrane translocase, subunit Tim44  35.46 
 
 
272 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4117  import inner membrane translocase subunit Tim44  35.15 
 
 
287 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4001  import inner membrane translocase subunit Tim44  35.84 
 
 
287 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3925  import inner membrane translocase subunit Tim44  34.47 
 
 
287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4024  import inner membrane translocase subunit Tim44  34.47 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.149443  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4049  hypothetical protein  32.05 
 
 
330 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0650  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.27 
 
 
330 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.983868 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0554  Tim44-like domain-contain protein  32.08 
 
 
340 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0845  transmembrane protein  31.03 
 
 
323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.376855  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0668  Tim44-like domain-containing protein  30.94 
 
 
324 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0684  Tim44-like domain-containing protein  30.72 
 
 
323 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2319  hypothetical protein  31.03 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2759  hypothetical protein  31.03 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2399  hypothetical protein  31.03 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0187  hypothetical protein  31.03 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3119  hypothetical protein  33.79 
 
 
295 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2731  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.06 
 
 
343 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767216  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0432  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.15 
 
 
327 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2119  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.06 
 
 
343 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434025  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2096  hypothetical protein  31.03 
 
 
318 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0739383  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4340  hypothetical protein  32.99 
 
 
291 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2758  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.06 
 
 
343 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.778073  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1550  hypothetical protein  31.1 
 
 
291 aa  106  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0535221  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3229  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.47 
 
 
289 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000053282  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01439  hypothetical protein  29.05 
 
 
290 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004023  hypothetical protein  28.14 
 
 
290 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000578853  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1004  putative transport protein  30.36 
 
 
316 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0568  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.26 
 
 
340 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312734  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0990  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.97 
 
 
295 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4035  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.85 
 
 
288 aa  99.4  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2649  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.47 
 
 
344 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.331938  normal  0.299083 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6058  putative transporter  29.43 
 
 
344 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2782  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.15 
 
 
344 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0372  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.1 
 
 
329 aa  93.6  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18784  normal  0.460564 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2065  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.23 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2861  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.21 
 
 
308 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2780  hypothetical protein  30.42 
 
 
273 aa  84  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.300996 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1896  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.41 
 
 
303 aa  82.4  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0839059  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1601  import inner membrane translocase subunit Tim44  26.95 
 
 
303 aa  82  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0782  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.99 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0218  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.49 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0861  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.98 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0675238 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0349  import inner membrane translocase subunit Tim44  32.23 
 
 
339 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.415982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0334  import inner membrane translocase subunit Tim44  32.23 
 
 
339 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.946204  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2676  hypothetical protein  29.89 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1319  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.04 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000259831  hitchhiker  0.00890559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0303  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.34 
 
 
283 aa  77  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000256366  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2548  hypothetical protein  29.52 
 
 
270 aa  75.9  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0459  hypothetical protein  31.15 
 
 
356 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.923223 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1091  putative lipoprotein  28.88 
 
 
321 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000494647  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1736  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.04 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000113621  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1256  hypothetical protein  26.34 
 
 
204 aa  73.9  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4128  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.68 
 
 
337 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0106946  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1110  import inner membrane translocase subunit Tim44  24.58 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.354142  normal  0.0303721 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3643  import inner membrane translocase, subunit Tim44  32.8 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.115775  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0538  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.26 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1292  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.84 
 
 
318 aa  66.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.268135  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2192  hypothetical protein  25.08 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0868  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.2 
 
 
335 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5460  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.4 
 
 
338 aa  63.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.258661  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0797  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.2 
 
 
335 aa  63.2  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1284  import inner membrane translocase subunit Tim44  26.15 
 
 
318 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.45671e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1927  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.48 
 
 
322 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000885618  normal  0.873638 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0901  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.13 
 
 
314 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000201824  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0773  hypothetical protein  30.99 
 
 
301 aa  58.9  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2523  import inner membrane translocase subunit Tim44  23.82 
 
 
333 aa  57.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0253878 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3295  import inner membrane translocase, subunit Tim44  22.49 
 
 
318 aa  51.2  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00081668  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2938  import inner membrane translocase subunit Tim44  22.64 
 
 
318 aa  50.4  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000555932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3566  import inner membrane translocase, subunit Tim44  22.55 
 
 
317 aa  50.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000205074  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1788  import inner membrane translocase, subunit Tim44  24.76 
 
 
341 aa  45.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000825798  normal  0.448103 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>