19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4289 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1226  hydrolase, putative  67.61 
 
 		 826 aa  1082    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19460  Agarase  60.39 
 
 		 801 aa  961    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1147  Beta-agarase  88.41 
 
 		 755 aa  1357    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.821905  normal  0.315056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4289  Beta-agarase  100 
 
 		 744 aa  1519    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1162  Beta-agarase  93.68 
 
 		 744 aa  1440    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1126  Beta-agarase  93.28 
 
 		 782 aa  1438    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000931505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50830  hypothetical protein  58.83 
 
 		 757 aa  859    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861457 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2644  GTPase EngC  31.5 
 
 		 793 aa  360  4e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  0.285653 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1971  agarase  30.18 
 
 		 793 aa  334  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0111275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1176  agarase  30.04 
 
 		 777 aa  327  6e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2642  agarase  30 
 
 		 782 aa  320  7e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2640  agarase  32.74 
 
 		 813 aa  303  9e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.503821  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2702  Beta-agarase  29.49 
 
 		 475 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0145383  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3029  agarase  32.97 
 
 		 451 aa  157  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.933436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2419  agarase  30.83 
 
 		 450 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720611  normal  0.0278267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4624  agarase  27.88 
 
 		 456 aa  132  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3553  hypothetical protein  28.93 
 
 		 658 aa  121  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2081  hypothetical protein  24.84 
 
 		 471 aa  95.9  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.40014  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3892  Beta-galactosidase  29.23 
 
 		 669 aa  47.4  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.113241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>