19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1971 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2642  agarase  47.68 
 
 
782 aa  755    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2640  agarase  41.7 
 
 
813 aa  660    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.503821  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1176  agarase  46.86 
 
 
777 aa  751    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2644  GTPase EngC  55.03 
 
 
793 aa  915    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  0.285653 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1971  agarase  100 
 
 
793 aa  1647    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0111275  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19460  Agarase  29.46 
 
 
801 aa  351  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50830  hypothetical protein  31.7 
 
 
757 aa  343  7e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00861457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1147  Beta-agarase  30.14 
 
 
755 aa  335  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.821905  normal  0.315056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4289  Beta-agarase  30.18 
 
 
744 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1162  Beta-agarase  30.38 
 
 
744 aa  334  5e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1126  Beta-agarase  30.38 
 
 
782 aa  331  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000931505 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1226  hydrolase, putative  38.79 
 
 
826 aa  260  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2702  Beta-agarase  28.83 
 
 
475 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0145383  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2419  agarase  27.72 
 
 
450 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720611  normal  0.0278267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3029  agarase  28.22 
 
 
451 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.933436  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4624  agarase  26.18 
 
 
456 aa  119  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2081  hypothetical protein  25.41 
 
 
471 aa  77.8  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.40014  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3553  hypothetical protein  23.08 
 
 
658 aa  74.7  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1005  beta-galactosidase  32.67 
 
 
710 aa  45.4  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.504738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>