19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1126 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1226  hydrolase, putative  67.35 
 
 
826 aa  1083    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19460  Agarase  60.7 
 
 
801 aa  964    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1147  Beta-agarase  87.06 
 
 
755 aa  1338    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.821905  normal  0.315056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4289  Beta-agarase  93.28 
 
 
744 aa  1438    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1162  Beta-agarase  99.06 
 
 
744 aa  1511    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1126  Beta-agarase  100 
 
 
782 aa  1603    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000931505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50830  hypothetical protein  58.36 
 
 
757 aa  856    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00861457 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2644  GTPase EngC  30.67 
 
 
793 aa  355  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  0.285653 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1176  agarase  30.63 
 
 
777 aa  337  5e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1971  agarase  30.38 
 
 
793 aa  331  3e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0111275  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2642  agarase  30.28 
 
 
782 aa  319  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2640  agarase  30.35 
 
 
813 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.503821  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2702  Beta-agarase  29.2 
 
 
475 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0145383  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2419  agarase  30.89 
 
 
450 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720611  normal  0.0278267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3029  agarase  31.94 
 
 
451 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.933436  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4624  agarase  26.6 
 
 
456 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3553  hypothetical protein  27.96 
 
 
658 aa  120  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2081  hypothetical protein  25.05 
 
 
471 aa  104  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.40014  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3892  Beta-galactosidase  30.3 
 
 
669 aa  45.4  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.113241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>