18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2642 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1176  agarase  60.99 
 
 		 777 aa  1003    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2644  GTPase EngC  52.02 
 
 		 793 aa  778    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  0.285653 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1971  agarase  47.68 
 
 		 793 aa  755    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0111275  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2640  agarase  42.26 
 
 		 813 aa  662    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.503821  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2642  agarase  100 
 
 		 782 aa  1627    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50830  hypothetical protein  31.13 
 
 		 757 aa  331  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4289  Beta-agarase  30 
 
 		 744 aa  320  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1126  Beta-agarase  30.28 
 
 		 782 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000931505 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1162  Beta-agarase  29.86 
 
 		 744 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19460  Agarase  29.47 
 
 		 801 aa  318  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1147  Beta-agarase  29.14 
 
 		 755 aa  306  7e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.821905  normal  0.315056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1226  hydrolase, putative  28.17 
 
 		 826 aa  298  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2702  Beta-agarase  30.21 
 
 		 475 aa  175  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0145383  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3029  agarase  29.97 
 
 		 451 aa  160  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.933436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2419  agarase  30.26 
 
 		 450 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720611  normal  0.0278267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4624  agarase  26.07 
 
 		 456 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2081  hypothetical protein  30.65 
 
 		 471 aa  97.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.40014  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3553  hypothetical protein  26.02 
 
 		 658 aa  95.9  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>