18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2419 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3029  agarase  82.17 
 
 		 451 aa  720    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.933436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2702  Beta-agarase  71.33 
 
 		 475 aa  659    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0145383  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2419  agarase  100 
 
 		 450 aa  919    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720611  normal  0.0278267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4624  agarase  53.97 
 
 		 456 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1126  Beta-agarase  30.89 
 
 		 782 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000931505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50830  hypothetical protein  30.99 
 
 		 757 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861457 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2081  hypothetical protein  27.07 
 
 		 471 aa  166  6.9999999999999995e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.40014  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2642  agarase  30.26 
 
 		 782 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1147  Beta-agarase  34.62 
 
 		 755 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.821905  normal  0.315056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1162  Beta-agarase  30.3 
 
 		 744 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3553  hypothetical protein  31.05 
 
 		 658 aa  160  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4289  Beta-agarase  30.83 
 
 		 744 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2644  GTPase EngC  30.26 
 
 		 793 aa  156  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  0.285653 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19460  Agarase  32.44 
 
 		 801 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1226  hydrolase, putative  31.75 
 
 		 826 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1176  agarase  26.72 
 
 		 777 aa  146  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000515097  unclonable  0.0000000139638 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1971  agarase  28.02 
 
 		 793 aa  143  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0111275  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2640  agarase  28.02 
 
 		 813 aa  136  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.503821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>