76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1630 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1630  prophage PSPPH06, putative reverse transcriptase/maturase  100 
 
 		 210 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0282142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0934  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  39.3 
 
 		 418 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.63429  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2144  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.57 
 
 		 442 aa  83.2  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  26.11 
 
 		 454 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2677  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.74 
 
 		 447 aa  55.1  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2550  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  51.6  0.000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0006691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3013  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.09 
 
 		 444 aa  51.6  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.301733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2838  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1618  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000636906  hitchhiker  0.000000000000550097 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1878  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.18587  normal  0.561944 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1463  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1455  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.170778  normal  0.343243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0975  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.171918  normal  0.086195 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0697  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2375  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1922  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.14 
 
 		 422 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2627  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.74 
 
 		 493 aa  49.3  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.332645  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  23.15 
 
 		 461 aa  48.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2269  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  26.38 
 
 		 446 aa  47.8  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.295773  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.32 
 
 		 419 aa  48.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0086  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.79 
 
 		 493 aa  47.8  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0786  retron-type reverse transcriptase-like protein  24.53 
 
 		 309 aa  46.6  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  26.78 
 
 		 439 aa  46.6  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  22.91 
 
 		 425 aa  44.7  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1201  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.5 
 
 		 420 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1421  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.5 
 
 		 420 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2085  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.5 
 
 		 420 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3877  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.5 
 
 		 455 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340417 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  21.2 
 
 		 434 aa  43.5  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  21.2 
 
 		 434 aa  43.5  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.5 
 
 		 455 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3968  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.5 
 
 		 455 aa  43.5  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0412624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2660  putative reverse transcriptase-maturase- endonucleas  22.69 
 
 		 455 aa  43.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3919  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0841  group II intron-encoding maturase  21.29 
 
 		 529 aa  42.7  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000535871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1335  maturase-related protein  21.29 
 
 		 529 aa  42.7  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1373  reverse transcriptase/maturase  21.29 
 
 		 529 aa  42.7  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1485  putative reverse transcriptase/maturase family protein  25.88 
 
 		 256 aa  42.7  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1223  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1292  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2924  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4151  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2051  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1471  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000733074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.64 
 
 		 429 aa  42.4  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1316  group II intron-encoding maturase  21.29 
 
 		 529 aa  42.4  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.79 
 
 		 455 aa  42.4  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4498  RNA-directed DNA polymerase  26.96 
 
 		 504 aa  42.4  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.431269  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1508  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.47 
 
 		 434 aa  42.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.64 
 
 		 429 aa  42.4  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.64 
 
 		 429 aa  42.4  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06333  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 214 aa  42.4  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1321  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.44 
 
 		 366 aa  42.4  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2079  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.44 
 
 		 366 aa  42.4  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225219  normal  0.513333 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0622  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.87 
 
 		 603 aa  42.4  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000352823  hitchhiker  0.00000108768 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0288  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.5 
 
 		 455 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00271  reverse transcriptase  23.59 
 
 		 281 aa  42  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5268  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.5 
 
 		 455 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.136681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3099  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.5 
 
 		 455 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2818  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.5 
 
 		 455 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281251  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  22.22 
 
 		 455 aa  42  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00341  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 289 aa  42  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.87 
 
 		 603 aa  42  0.007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.229974  normal  0.255999 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3163  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.93 
 
 		 420 aa  41.6  0.009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06996  Na-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06317  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05916  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04800  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03670  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03650  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 404 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03476  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 404 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03119  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03030  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03017  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00759  RNA-directed DNA polymerase  23.59 
 
 		 430 aa  41.2  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>