More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2487 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2487  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 160 aa  325  2.0000000000000001e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2221  transcription elongation factor GreA  44.23 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  43.67 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  41.4 
 
 		 158 aa  130  6.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  42.68 
 
 		 159 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  42.04 
 
 		 158 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000426484  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0383  transcription elongation factor GreA  43.42 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0620714 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  43.67 
 
 		 160 aa  128  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  43.67 
 
 		 160 aa  128  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1444  transcription elongation factor GreA  43.31 
 
 		 161 aa  128  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00276226  normal  0.0904446 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  41.4 
 
 		 158 aa  128  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0255  transcription elongation factor GreA  47.1 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000533555  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  41.56 
 
 		 159 aa  125  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2089  transcription elongation factor GreA  39.47 
 
 		 156 aa  125  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.176469  normal  0.347146 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  44.3 
 
 		 158 aa  124  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  42.31 
 
 		 173 aa  123  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 159 aa  123  1e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  42.31 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  122  2e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  42.41 
 
 		 158 aa  122  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  40.62 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  41.4 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  44.44 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  40.62 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  40.62 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  40.62 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  40.62 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 153 aa  122  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3073  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  42.76 
 
 		 158 aa  121  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0977  transcription elongation factor GreA  43.12 
 
 		 158 aa  120  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 		 159 aa  120  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  40.62 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  39.87 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  43.42 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  39.75 
 
 		 159 aa  119  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  42.04 
 
 		 158 aa  119  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  42.11 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  43.42 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3402  transcription elongation factor GreA  43.33 
 
 		 153 aa  118  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000615218 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2512  GreA/GreB family elongation factor  39.74 
 
 		 235 aa  118  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000128593  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  41.61 
 
 		 153 aa  118  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0480  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000270875  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4722  transcription elongation factor GreA  39.74 
 
 		 160 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293567 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  39.1 
 
 		 158 aa  118  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4723  transcription elongation factor GreA  39.74 
 
 		 160 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4588  transcription elongation factor GreA  39.74 
 
 		 160 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  40.51 
 
 		 158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  40.51 
 
 		 158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  40.51 
 
 		 158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  43.12 
 
 		 158 aa  118  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000315443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0850  transcription elongation factor GreA  41.4 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.209846 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  39.38 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0997  transcription elongation factor GreA  42.41 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00368773  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0984  transcription elongation factor GreA  40.76 
 
 		 157 aa  117  6e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.406423  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  41.45 
 
 		 158 aa  117  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182493  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  42.04 
 
 		 158 aa  117  7.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 		 158 aa  117  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1044  transcription elongation factor GreA  42.28 
 
 		 162 aa  117  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000369398  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0710  transcription elongation factor GreA  39.1 
 
 		 160 aa  117  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0264242 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  43.14 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0144  transcription elongation factor GreA  39.74 
 
 		 163 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.417483 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 		 157 aa  116  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  38.46 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  39.74 
 
 		 171 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0495  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.588124  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  41.03 
 
 		 160 aa  116  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  41.4 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  46.05 
 
 		 159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  39.87 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  40.38 
 
 		 156 aa  115  3e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  39.49 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  41.18 
 
 		 159 aa  115  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3619  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  39.49 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  39.49 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  39.49 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0951  GreA/GreB family elongation factor  39.87 
 
 		 158 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000196364  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  42.04 
 
 		 158 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  39.24 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>