82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4166 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4166  NnrS family protein  100 
 
 		 389 aa  722    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1450  NnrS family protein  55.91 
 
 		 425 aa  347  3e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.9412  normal  0.157147 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0494  NnrS family protein  53.02 
 
 		 426 aa  339  4e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.506659  normal  0.505655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1673  NnrS family protein  32.73 
 
 		 408 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496066  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2901  NnrS family protein  29.38 
 
 		 414 aa  86.3  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.81186  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6821  putative membrane protein, NnrS-like protein  32.09 
 
 		 403 aa  84.7  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1808  NnrS family protein  31.94 
 
 		 434 aa  80.9  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193924  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3791  NnrS  28.75 
 
 		 409 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.527545  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4037  NnrS  28.96 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1349  NnrS  25.46 
 
 		 416 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000146845  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4230  NnrS family protein  32.99 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3473  NnrS  27.49 
 
 		 422 aa  75.9  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2105  NnrS family protein  33.07 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0196977  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0283  hypothetical protein  28.5 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0259  hypothetical protein  28.31 
 
 		 413 aa  72.8  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1235  NnrS  29.68 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00575591  unclonable  0.0000000301222 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6279  NnrS family protein  32.22 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal  0.20499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03874  Heme/copper membrane protein  36.69 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2876  NnrS family protein  27.78 
 
 		 406 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  hitchhiker  0.00000000207371 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0557  NnrS  27.3 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.042435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1555  NnrS family protein  27.58 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000108211  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3182  NnrS family protein  38.22 
 
 		 396 aa  66.2  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2303  hypothetical protein  31.63 
 
 		 432 aa  65.1  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0765  NnrS family protein  24.34 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.960663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0648  NnrS  30.45 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.86713  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0849  putative ATP synthase F0, A subunit  24.94 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2805  hypothetical protein  33.73 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5672  NnrS family protein  38.93 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1006  NnrS family protein  34.55 
 
 		 389 aa  59.7  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0347076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0967  NnrS family protein  42.86 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2607  NnrS family protein  37.29 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4275  NnrS  37.29 
 
 		 401 aa  56.6  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0720  putative heme-Cu membrane protein (NnrS)  26.24 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4289  NnrS  26.6 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4999  NnrS  30.17 
 
 		 405 aa  54.7  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.441301  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2574  NnrS family protein  38.89 
 
 		 392 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00111099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3859  NnrS family protein  35.62 
 
 		 391 aa  54.7  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1410  NnrS-like protein  28.19 
 
 		 399 aa  54.7  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.124987  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1475  NnrS family protein  46.46 
 
 		 399 aa  54.3  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1884  NnrS  29.84 
 
 		 401 aa  53.9  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0526931  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3037  NnrS family protein  38.39 
 
 		 403 aa  53.5  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.226927  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0307  NnrS family protein  29.4 
 
 		 390 aa  53.1  0.000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.799454  normal  0.0277833 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2680  NnrS family protein  31.58 
 
 		 406 aa  53.1  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2587  NnrS family protein  26.42 
 
 		 390 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.16699  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1515  NnrS family protein  29.07 
 
 		 409 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.329363  normal  0.0719715 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3603  NnrS family protein  36.21 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.147714  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0102  hypothetical protein  32.16 
 
 		 418 aa  52.8  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.139814  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4283  hypothetical protein  26.03 
 
 		 401 aa  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1409  hypothetical protein  43.48 
 
 		 424 aa  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.922088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2830  hypothetical protein  33.58 
 
 		 409 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.884704  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0421  integral membrane protein  24.54 
 
 		 368 aa  51.2  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2874  NnrS  40.22 
 
 		 386 aa  50.8  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0504  NnrS family protein  38.71 
 
 		 403 aa  50.1  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0687  NnrS family protein  26.7 
 
 		 403 aa  50.4  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1465  NnrS family protein  35.04 
 
 		 409 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.185105  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2362  NnrS family protein  32.16 
 
 		 403 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000703097  decreased coverage  0.0000273343 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1910  hypothetical protein  35.63 
 
 		 414 aa  48.9  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1680  NnrS family protein  26.17 
 
 		 390 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4044  NnrS family protein  38.54 
 
 		 504 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.704595 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3970  NnrS family protein  41.57 
 
 		 398 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0693479 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1665  NnrS family protein  26.65 
 
 		 390 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410131  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1348  hypothetical protein  35.64 
 
 		 417 aa  47  0.0005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2168  NnrS  28.86 
 
 		 384 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0686  NnrS family protein  25.15 
 
 		 431 aa  47.4  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3582  NnrS family protein  34.02 
 
 		 391 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.936992  normal  0.528809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2322  NnrS family protein  39.08 
 
 		 390 aa  47.4  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000140024  normal  0.965133 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2677  NnrS family protein  26.65 
 
 		 390 aa  47  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0244063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1288  hypothetical protein  29.36 
 
 		 389 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0467877  normal  0.017488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2849  NnrS family protein  39.36 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2336  NnrS family protein  38.89 
 
 		 401 aa  45.8  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00114269  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2560  NnrS family protein  39.62 
 
 		 397 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.12013  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03317  hypothetical protein  34.48 
 
 		 406 aa  45.8  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2181  NnrS  37.89 
 
 		 385 aa  45.8  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2837  NnrS  39.51 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0722604  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2847  NnrS family protein  38.89 
 
 		 401 aa  45.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002671  NnrS protein  35.63 
 
 		 394 aa  45.1  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2940  NnrS family protein  40.45 
 
 		 393 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1227  NnrS family protein  37.18 
 
 		 403 aa  43.9  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25611  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2425  NnrS family protein  31.9 
 
 		 390 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.194019  normal  0.204544 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2495  NnrS family protein  31.9 
 
 		 390 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal  0.0503888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0227  NnrS family protein  42.86 
 
 		 390 aa  43.5  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0630  Heme/copper membrane protein of NnrS family protein  42.86 
 
 		 394 aa  43.1  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>