20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3954 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3954  rhomboid family protein  100 
 
 		 237 aa  467  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0467  rhomboid family protein  50.63 
 
 		 228 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0830945 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0456  rhomboid family protein  47.26 
 
 		 228 aa  181  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2835  hypothetical protein  41.13 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0444  rhomboid-like protein  40.95 
 
 		 228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0895  rhomboid-like protein  37.08 
 
 		 227 aa  122  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  27.4 
 
 		 315 aa  47.4  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  29.65 
 
 		 266 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  29.2 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  29.2 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  29.2 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  29.2 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  28.97 
 
 		 190 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  28.47 
 
 		 190 aa  45.1  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  31.88 
 
 		 290 aa  43.5  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  36.49 
 
 		 304 aa  43.5  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  27.39 
 
 		 556 aa  43.1  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  27.04 
 
 		 201 aa  43.1  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4233  rhomboid-like protein  26.03 
 
 		 211 aa  42.4  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 190 aa  42  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>