82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4833 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4833  SURF1 domain-containing protein  100 
 
 		 143 aa  280  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  0.511856 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4711  hypothetical protein  98.6 
 
 		 145 aa  278  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4889  hypothetical protein  93.71 
 
 		 145 aa  266  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0908212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  89.51 
 
 		 145 aa  254  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0138  protein of unknown function DUF107  50.34 
 
 		 151 aa  155  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0261  hypothetical protein  48.61 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0648  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity, NfeD-like  45.14 
 
 		 150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.24585  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3436  hypothetical protein  41.43 
 
 		 152 aa  121  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0488184  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1621  hypothetical protein  36.81 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0609  protein of unknown function DUF107  37.14 
 
 		 154 aa  106  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0296  protein of unknown function DUF107  43.57 
 
 		 152 aa  101  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0320  protein of unknown function DUF107  42.86 
 
 		 152 aa  97.1  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0323  protein of unknown function DUF107  42.14 
 
 		 152 aa  96.7  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3109  protein of unknown function DUF107  39.16 
 
 		 148 aa  94  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00574825  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0087  hypothetical protein  35.21 
 
 		 150 aa  91.7  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2365  hypothetical protein  38.69 
 
 		 157 aa  87.8  5e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2128  hypothetical protein  35.04 
 
 		 165 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.639111 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2452  hypothetical protein  35.77 
 
 		 165 aa  80.1  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0461  protein of unknown function DUF107  32.65 
 
 		 145 aa  67  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3149  hypothetical protein  40.54 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.722841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2063  hypothetical protein  32.03 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00757659  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3244  hypothetical protein  32.03 
 
 		 142 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00265616  normal  0.45038 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6549  protein of unknown function DUF107  30.94 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1923  hypothetical protein  30.47 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.126265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2074  hypothetical protein  31.25 
 
 		 142 aa  60.1  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1927  hypothetical protein  31.25 
 
 		 142 aa  60.1  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2105  hypothetical protein  31.25 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1889  hypothetical protein  31.25 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1559  hypothetical protein  29.69 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.151405  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1879  hypothetical protein  30.47 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2145  hypothetical protein  30.47 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2173  hypothetical protein  30.47 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0062  hypothetical protein  28.47 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0560345  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2309  hypothetical protein  31.79 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2736  hypothetical protein  31.51 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355478  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0062  hypothetical protein  27.78 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.351134  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2246  protein of unknown function DUF107  30.77 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0353999 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0505  protein of unknown function DUF107  30.22 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5110  hypothetical protein  32.14 
 
 		 151 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000397496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  29.93 
 
 		 148 aa  50.4  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0289  hypothetical protein  28.79 
 
 		 137 aa  50.4  0.000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.285754  normal  0.174624 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1951  hypothetical protein  34.56 
 
 		 154 aa  50.4  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.370736  normal  0.0226545 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  28.15 
 
 		 153 aa  49.7  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1505  hypothetical protein  32 
 
 		 147 aa  49.7  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121654  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0418  protein of unknown function DUF107  22.38 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0558  hypothetical protein  26.52 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4844  hypothetical protein  28.77 
 
 		 147 aa  48.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  27.34 
 
 		 153 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1187  protein of unknown function DUF107  29.08 
 
 		 151 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1360  hypothetical protein  33.81 
 
 		 148 aa  47.8  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004151  putative activity regulator of membrane protease YbbK  26.67 
 
 		 153 aa  47.4  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1624  hypothetical protein  25.76 
 
 		 137 aa  47  0.00009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1099  hypothetical protein  27.46 
 
 		 151 aa  47  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  23.74 
 
 		 153 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0465  protein of unknown function DUF107  28.68 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0479  protein of unknown function DUF107  28.68 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3005  protein of unknown function DUF107  27.41 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3217  protein of unknown function DUF107  26.06 
 
 		 151 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3025  protein of unknown function DUF107  30.28 
 
 		 151 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0728  hypothetical protein  25.55 
 
 		 152 aa  45.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0403  hypothetical protein  33.58 
 
 		 143 aa  45.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.168649 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4304  hypothetical protein  25.85 
 
 		 149 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0496  hypothetical protein  31.47 
 
 		 149 aa  44.7  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.41983  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  27.27 
 
 		 151 aa  43.9  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1152  hypothetical protein  29.05 
 
 		 153 aa  43.9  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.243195  hitchhiker  0.000000302368 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0463  hypothetical protein  31.34 
 
 		 157 aa  43.5  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000652394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3163  hypothetical protein  26.95 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1445  hypothetical protein  27.08 
 
 		 148 aa  43.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155103  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18360  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity  34.72 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.54278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3025  nodulation efficiency protein D  26.95 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1267  hypothetical protein  26.95 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.132196 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0945  protein of unknown function DUF107  32.14 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.665646  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0069  hypothetical protein  24.46 
 
 		 155 aa  42.4  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.473003  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1329  hypothetical protein  25.19 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.259806  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3721  hypothetical protein  30.34 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2311  protein of unknown function DUF107  32.43 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00380708  hitchhiker  0.000930423 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3991  hypothetical protein  42.31 
 
 		 92 aa  41.2  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0074  hypothetical protein  24.46 
 
 		 155 aa  41.2  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0863  hypothetical protein  28.78 
 
 		 149 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.627651 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1704  nucleolar GTP-binding 1  25.69 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1335  hypothetical protein  28.19 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1805  nodulation competitiveness protein nfeD  27.95 
 
 		 557 aa  40  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>