91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4889 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4889  hypothetical protein  100 
 
 
145 aa  286  9e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0908212  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4711  hypothetical protein  93.79 
 
 
145 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4833  SURF1 domain-containing protein  93.71 
 
 
143 aa  266  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  0.511856 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  89.66 
 
 
145 aa  264  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0138  protein of unknown function DUF107  47.62 
 
 
151 aa  150  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0648  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity, NfeD-like  45.58 
 
 
150 aa  130  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.24585  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0261  hypothetical protein  45.58 
 
 
146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3436  hypothetical protein  41.1 
 
 
152 aa  123  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0488184  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1621  hypothetical protein  37.67 
 
 
147 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0609  protein of unknown function DUF107  37.32 
 
 
154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0296  protein of unknown function DUF107  41.1 
 
 
152 aa  103  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0320  protein of unknown function DUF107  41.1 
 
 
152 aa  100  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0323  protein of unknown function DUF107  40.41 
 
 
152 aa  99.8  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3109  protein of unknown function DUF107  37.41 
 
 
148 aa  93.2  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00574825  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0087  hypothetical protein  34.51 
 
 
150 aa  87.8  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2365  hypothetical protein  36.88 
 
 
157 aa  87  8e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2128  hypothetical protein  34.25 
 
 
165 aa  83.6  8e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.639111 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2452  hypothetical protein  34.93 
 
 
165 aa  78.2  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0461  protein of unknown function DUF107  34.69 
 
 
145 aa  68.2  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6549  protein of unknown function DUF107  33.09 
 
 
144 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3244  hypothetical protein  32.81 
 
 
142 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00265616  normal  0.45038 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2063  hypothetical protein  32.81 
 
 
142 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00757659  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3149  hypothetical protein  39.19 
 
 
121 aa  62.8  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.722841  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1923  hypothetical protein  31.25 
 
 
142 aa  60.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.126265  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1927  hypothetical protein  30.47 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1889  hypothetical protein  30.47 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1505  hypothetical protein  35.33 
 
 
147 aa  58.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121654  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2074  hypothetical protein  30.47 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2105  hypothetical protein  30.47 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0062  hypothetical protein  29.37 
 
 
140 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0560345  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1879  hypothetical protein  31.25 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2145  hypothetical protein  31.25 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2173  hypothetical protein  31.25 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0062  hypothetical protein  28.67 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.351134  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2246  protein of unknown function DUF107  32.17 
 
 
143 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0353999 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2736  hypothetical protein  30.41 
 
 
153 aa  56.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355478  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1559  hypothetical protein  30.47 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.151405  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  29.71 
 
 
153 aa  54.3  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2309  hypothetical protein  28.95 
 
 
149 aa  53.5  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0418  protein of unknown function DUF107  23.78 
 
 
150 aa  52.8  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5110  hypothetical protein  32.14 
 
 
151 aa  52  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000397496  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004151  putative activity regulator of membrane protease YbbK  27.01 
 
 
153 aa  52  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0289  hypothetical protein  30.83 
 
 
137 aa  50.4  0.000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.285754  normal  0.174624 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  28.26 
 
 
148 aa  50.4  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1445  hypothetical protein  28.47 
 
 
148 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155103  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0505  protein of unknown function DUF107  30.37 
 
 
147 aa  50.1  0.000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1099  hypothetical protein  30.61 
 
 
151 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0558  hypothetical protein  32.14 
 
 
137 aa  50.1  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1951  hypothetical protein  35.04 
 
 
154 aa  49.7  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.370736  normal  0.0226545 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4844  hypothetical protein  27.45 
 
 
147 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3217  protein of unknown function DUF107  27.89 
 
 
151 aa  48.9  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1187  protein of unknown function DUF107  31.21 
 
 
151 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  27.08 
 
 
153 aa  48.9  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1360  hypothetical protein  32.14 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1624  hypothetical protein  28.99 
 
 
137 aa  48.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4304  hypothetical protein  25.68 
 
 
149 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  23.02 
 
 
153 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0463  hypothetical protein  32.19 
 
 
157 aa  46.6  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000652394  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3025  protein of unknown function DUF107  28.97 
 
 
151 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1152  hypothetical protein  26.9 
 
 
153 aa  45.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.243195  hitchhiker  0.000000302368 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01653  nodulation protein nfed, C-terminal only  28.99 
 
 
144 aa  45.4  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2311  protein of unknown function DUF107  31.08 
 
 
143 aa  45.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00380708  hitchhiker  0.000930423 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0069  hypothetical protein  24.31 
 
 
155 aa  45.4  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.473003  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0074  hypothetical protein  24.31 
 
 
155 aa  44.7  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1704  nucleolar GTP-binding 1  27.66 
 
 
154 aa  44.3  0.0005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3005  protein of unknown function DUF107  27.41 
 
 
144 aa  44.3  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0479  protein of unknown function DUF107  28.68 
 
 
147 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0465  protein of unknown function DUF107  28.68 
 
 
147 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68830  hypothetical protein  25.35 
 
 
150 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  25 
 
 
151 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0403  hypothetical protein  31.47 
 
 
143 aa  43.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.168649 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1267  hypothetical protein  28.37 
 
 
149 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.132196 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0964  hypothetical protein  26.72 
 
 
150 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.634862  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3025  nodulation efficiency protein D  28.37 
 
 
149 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3163  hypothetical protein  28.37 
 
 
149 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0931  protein of unknown function DUF107  28.17 
 
 
140 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.890886  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0728  hypothetical protein  35.82 
 
 
152 aa  42.4  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0928  protein of unknown function DUF107  28.17 
 
 
140 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0945  protein of unknown function DUF107  30.61 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.665646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0137  hypothetical protein  27.91 
 
 
143 aa  42.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0501  hypothetical protein  30.22 
 
 
152 aa  41.6  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4507  hypothetical protein  29.71 
 
 
153 aa  41.6  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0857402  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1329  hypothetical protein  24.62 
 
 
136 aa  40.8  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.259806  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3991  hypothetical protein  42.31 
 
 
92 aa  40.8  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1615  hypothetical protein  24.64 
 
 
151 aa  40.4  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3263  hypothetical protein  31.72 
 
 
143 aa  40.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.154765  normal  0.527503 
 
 
-
 
NC_002950  PG1335  hypothetical protein  28.86 
 
 
154 aa  40.4  0.008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0156  hypothetical protein  27.13 
 
 
138 aa  40.4  0.009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.867378  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1033  protein of unknown function DUF107  27.46 
 
 
149 aa  40  0.01  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0863  hypothetical protein  27.34 
 
 
149 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.627651 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4540  hypothetical protein  27.52 
 
 
153 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>