87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0863 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0863  hypothetical protein  100 
 
 		 149 aa  287  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.627651 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4540  hypothetical protein  82.24 
 
 		 153 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4844  hypothetical protein  70.47 
 
 		 147 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0945  protein of unknown function DUF107  77.55 
 
 		 149 aa  201  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.665646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1360  hypothetical protein  74.5 
 
 		 148 aa  199  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0930  hypothetical protein  70.07 
 
 		 148 aa  173  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1881  hypothetical protein  52.52 
 
 		 150 aa  144  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2736  hypothetical protein  44.44 
 
 		 153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355478  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  44.44 
 
 		 153 aa  130  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  47.3 
 
 		 151 aa  130  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  46.62 
 
 		 153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6549  protein of unknown function DUF107  49.66 
 
 		 144 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2705  hypothetical protein  51.75 
 
 		 151 aa  119  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3721  hypothetical protein  45.77 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0418  protein of unknown function DUF107  44.93 
 
 		 150 aa  116  7.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0074  hypothetical protein  45.27 
 
 		 155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0069  hypothetical protein  45.27 
 
 		 155 aa  114  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.473003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5110  hypothetical protein  51.8 
 
 		 151 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000397496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4304  hypothetical protein  41.5 
 
 		 149 aa  105  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  42.86 
 
 		 148 aa  103  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3111  hypothetical protein  40.88 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0156  hypothetical protein  40.8 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.867378  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004151  putative activity regulator of membrane protease YbbK  36.99 
 
 		 153 aa  94.4  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0137  hypothetical protein  40.8 
 
 		 143 aa  94.4  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68830  hypothetical protein  40.71 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01653  nodulation protein nfed, C-terminal only  42.74 
 
 		 144 aa  90.5  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  34.69 
 
 		 153 aa  89.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3074  protein of unknown function DUF107  40 
 
 		 147 aa  85.9  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.091218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5956  hypothetical protein  42.03 
 
 		 156 aa  84.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755267  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1033  protein of unknown function DUF107  36.49 
 
 		 149 aa  84.3  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00444  hypothetical protein  33.87 
 
 		 151 aa  84  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00439  conserved inner membrane protein  33.87 
 
 		 151 aa  84  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0527  nodulation efficiency family protein  33.06 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0567  nodulation efficiency family protein  33.06 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3128  hypothetical protein  33.06 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772435 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0423  nodulation efficiency family protein  33.06 
 
 		 152 aa  83.2  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3122  protein of unknown function DUF107  33.06 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3025  protein of unknown function DUF107  36.05 
 
 		 151 aa  82.8  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0592  nodulation efficiency family protein  33.06 
 
 		 152 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.685146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0537  nodulation efficiency family protein  33.06 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1445  hypothetical protein  31.39 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155103  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0964  hypothetical protein  34 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.634862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0549  inner membrane protein YbbJ  34.68 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0572  regulator of membrane protease activity  30.88 
 
 		 147 aa  77.8  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1099  hypothetical protein  35.77 
 
 		 151 aa  74.3  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3217  protein of unknown function DUF107  34.31 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1152  hypothetical protein  31.08 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.243195  hitchhiker  0.000000302368 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0547  inner membrane protein YbbJ  35.48 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0564  inner membrane protein YbbJ  35.48 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0608  hypothetical protein  35.48 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0554  inner membrane protein YbbJ  35.48 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0496  hypothetical protein  36.91 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.41983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3025  nodulation efficiency protein D  32 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1267  hypothetical protein  32 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.132196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3163  hypothetical protein  32 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0281  membrane protein  29.25 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0062  hypothetical protein  30.71 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0560345  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0062  hypothetical protein  30 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.351134  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  27.27 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2220  hypothetical protein  30.77 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4833  SURF1 domain-containing protein  28.78 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  0.511856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4889  hypothetical protein  27.34 
 
 		 145 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0908212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4711  hypothetical protein  28.06 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1505  hypothetical protein  26 
 
 		 147 aa  48.9  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121654  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1335  hypothetical protein  32.14 
 
 		 154 aa  48.1  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2365  hypothetical protein  27.45 
 
 		 157 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2128  hypothetical protein  23.08 
 
 		 165 aa  47  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.639111 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0609  protein of unknown function DUF107  29.73 
 
 		 154 aa  47  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1329  hypothetical protein  25.9 
 
 		 136 aa  47  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.259806  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0138  protein of unknown function DUF107  27.89 
 
 		 151 aa  46.2  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0728  hypothetical protein  24.14 
 
 		 152 aa  46.2  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1704  nucleolar GTP-binding 1  27.03 
 
 		 154 aa  47  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2311  protein of unknown function DUF107  31.25 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00380708  hitchhiker  0.000930423 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3436  hypothetical protein  29.45 
 
 		 152 aa  45.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0488184  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1621  hypothetical protein  38.03 
 
 		 147 aa  44.7  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2309  hypothetical protein  28.48 
 
 		 149 aa  44.3  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4420  hypothetical protein  27.46 
 
 		 151 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1630  protein of unknown function DUF107  26.96 
 
 		 143 aa  43.5  0.0009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.159398  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1923  hypothetical protein  25.74 
 
 		 142 aa  43.5  0.0009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.126265  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0087  hypothetical protein  28.57 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0052  protein of unknown function DUF107  28.57 
 
 		 158 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3005  protein of unknown function DUF107  26 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2452  hypothetical protein  25 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0648  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity, NfeD-like  29.05 
 
 		 150 aa  41.6  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.24585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1889  hypothetical protein  24.82 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2105  hypothetical protein  24.82 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3244  hypothetical protein  24.26 
 
 		 142 aa  40  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00265616  normal  0.45038 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>