80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4304 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4304  hypothetical protein  100 
 
 		 149 aa  294  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68830  hypothetical protein  57.24 
 
 		 150 aa  155  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5956  hypothetical protein  57.43 
 
 		 156 aa  144  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755267  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  42.95 
 
 		 153 aa  122  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1033  protein of unknown function DUF107  49.34 
 
 		 149 aa  119  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1099  hypothetical protein  46.62 
 
 		 151 aa  113  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1881  hypothetical protein  42.45 
 
 		 150 aa  110  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471447  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  46.31 
 
 		 151 aa  110  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  45.64 
 
 		 153 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2736  hypothetical protein  40.13 
 
 		 153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355478  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3217  protein of unknown function DUF107  42.95 
 
 		 151 aa  108  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3025  protein of unknown function DUF107  42.18 
 
 		 151 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0418  protein of unknown function DUF107  38.93 
 
 		 150 aa  106  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004151  putative activity regulator of membrane protease YbbK  38.1 
 
 		 153 aa  103  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1152  hypothetical protein  40.41 
 
 		 153 aa  103  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.243195  hitchhiker  0.000000302368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4844  hypothetical protein  40.69 
 
 		 147 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1445  hypothetical protein  38.97 
 
 		 148 aa  101  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155103  normal  0.203788 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00439  conserved inner membrane protein  42.4 
 
 		 151 aa  100  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00444  hypothetical protein  42.4 
 
 		 151 aa  100  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0567  nodulation efficiency family protein  42.4 
 
 		 152 aa  100  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0527  nodulation efficiency family protein  42.4 
 
 		 152 aa  100  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3128  hypothetical protein  42.4 
 
 		 152 aa  100  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772435 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3122  protein of unknown function DUF107  42.4 
 
 		 152 aa  100  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0423  nodulation efficiency family protein  42.4 
 
 		 152 aa  100  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  34.46 
 
 		 153 aa  100  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0964  hypothetical protein  41.73 
 
 		 150 aa  100  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.634862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0069  hypothetical protein  40.14 
 
 		 155 aa  98.6  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.473003  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0537  nodulation efficiency family protein  43.09 
 
 		 152 aa  99  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2705  hypothetical protein  44.06 
 
 		 151 aa  99  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0592  nodulation efficiency family protein  43.09 
 
 		 152 aa  98.6  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.685146 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0074  hypothetical protein  40.14 
 
 		 155 aa  97.8  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1360  hypothetical protein  40.14 
 
 		 148 aa  96.7  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3111  hypothetical protein  41.55 
 
 		 147 aa  96.3  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0549  inner membrane protein YbbJ  42.52 
 
 		 150 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0945  protein of unknown function DUF107  47.02 
 
 		 149 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.665646  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0863  hypothetical protein  41.5 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.627651 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0930  hypothetical protein  41.22 
 
 		 148 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3025  nodulation efficiency protein D  43.8 
 
 		 149 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1267  hypothetical protein  43.8 
 
 		 149 aa  92  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.132196 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3721  hypothetical protein  40.29 
 
 		 152 aa  92.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3163  hypothetical protein  43.8 
 
 		 149 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4540  hypothetical protein  40 
 
 		 153 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0137  hypothetical protein  39.57 
 
 		 143 aa  90.9  6e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0156  hypothetical protein  39.55 
 
 		 138 aa  90.9  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.867378  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01653  nodulation protein nfed, C-terminal only  41.01 
 
 		 144 aa  87.4  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3074  protein of unknown function DUF107  44.07 
 
 		 147 aa  87  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.091218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6549  protein of unknown function DUF107  40.74 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0496  hypothetical protein  39.86 
 
 		 149 aa  85.9  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.41983  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0547  inner membrane protein YbbJ  42.03 
 
 		 150 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0564  inner membrane protein YbbJ  42.03 
 
 		 150 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0554  inner membrane protein YbbJ  42.03 
 
 		 150 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0608  hypothetical protein  42.03 
 
 		 150 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0281  membrane protein  35.37 
 
 		 150 aa  84  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  35.37 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5110  hypothetical protein  40.58 
 
 		 151 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000397496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0572  regulator of membrane protease activity  34.29 
 
 		 147 aa  71.6  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2220  hypothetical protein  30.41 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4420  hypothetical protein  34 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0648  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity, NfeD-like  28.29 
 
 		 150 aa  60.5  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.24585  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0609  protein of unknown function DUF107  30.23 
 
 		 154 aa  48.9  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1621  hypothetical protein  25.52 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2365  hypothetical protein  28.15 
 
 		 157 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0087  hypothetical protein  29.93 
 
 		 150 aa  47.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4889  hypothetical protein  25.68 
 
 		 145 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0908212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  25 
 
 		 145 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2311  protein of unknown function DUF107  31.88 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00380708  hitchhiker  0.000930423 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4833  SURF1 domain-containing protein  25.85 
 
 		 143 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  0.511856 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04830  hypothetical protein  51.85 
 
 		 83 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0418213  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1559  hypothetical protein  23.02 
 
 		 142 aa  42.7  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.151405  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3436  hypothetical protein  24.03 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0488184  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4711  hypothetical protein  25 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2063  hypothetical protein  25.9 
 
 		 142 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00757659  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1923  hypothetical protein  23.57 
 
 		 142 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.126265  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2105  hypothetical protein  23.74 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1889  hypothetical protein  23.74 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3244  hypothetical protein  25.18 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00265616  normal  0.45038 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1927  hypothetical protein  23.74 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2074  hypothetical protein  23.74 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2173  hypothetical protein  23.02 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2145  hypothetical protein  23.02 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>