More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2118 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2118  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  100 
 
 
356 aa  702    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.957801  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1597  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  88.52 
 
 
357 aa  620  1e-176  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.438743 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2326  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  86.55 
 
 
357 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.290709  normal  0.502362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3852  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  85.71 
 
 
357 aa  604  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.447492  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2489  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  82.91 
 
 
357 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.240095  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2955  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  83.66 
 
 
357 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3461  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  81.23 
 
 
357 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1095  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  73.73 
 
 
357 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154044  hitchhiker  0.00642232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1241  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.03 
 
 
357 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.853192  hitchhiker  0.000530935 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2576  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.43 
 
 
363 aa  478  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0710  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.14 
 
 
359 aa  477  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1575  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  71.31 
 
 
357 aa  477  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1966  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.93 
 
 
368 aa  475  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0701  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.14 
 
 
359 aa  477  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2323  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  68.38 
 
 
357 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5164  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  69.03 
 
 
355 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0839286 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1293  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.36 
 
 
355 aa  466  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226981  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0963  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  68.08 
 
 
353 aa  461  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427046 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5547  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.18 
 
 
355 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.228319  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0765  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  63.38 
 
 
361 aa  464  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0792  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  70 
 
 
356 aa  460  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.64269 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2024  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.77 
 
 
355 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2338  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.77 
 
 
355 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2063  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  68.48 
 
 
355 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.187732 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0491  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  67.14 
 
 
359 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3331  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  64.2 
 
 
363 aa  433  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.202512 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1889  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  66.96 
 
 
353 aa  425  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0381482  normal  0.145753 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1247  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  63.24 
 
 
346 aa  425  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0130533 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1969  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  63.64 
 
 
348 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1836  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  65.32 
 
 
349 aa  422  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0677  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  63.35 
 
 
348 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.595735  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2167  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  60.68 
 
 
388 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1476  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  63.77 
 
 
348 aa  417  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.186748  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3066  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  63.35 
 
 
348 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.455526  normal  0.474133 
 
 
-
 
NC_006683  CNN00440  purine nucleotide biosynthesis-related protein, putative  57.35 
 
 
802 aa  400  9.999999999999999e-111  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3926  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  61.22 
 
 
348 aa  391  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47067  predicted protein  57.36 
 
 
1237 aa  377  1e-103  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.375267  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2537  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  59.15 
 
 
356 aa  374  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.855479  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1757  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.04 
 
 
368 aa  374  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.279868 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_78660  predicted protein  54.57 
 
 
795 aa  370  1e-101  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0555555 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0034  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  58.43 
 
 
366 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.430989  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0899  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  58.31 
 
 
368 aa  371  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.514868  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0553  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  55.56 
 
 
352 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2316  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  58.38 
 
 
353 aa  370  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1182  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  53.91 
 
 
358 aa  366  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.66248  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2545  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.71 
 
 
341 aa  366  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0235  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  65.26 
 
 
363 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.356948  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06541  phosphoribosylamine-glycine ligase (Eurofung)  56.02 
 
 
809 aa  364  1e-99  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1624  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.72 
 
 
349 aa  360  2e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.133695 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2773  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  55.65 
 
 
350 aa  359  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.111788  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1440  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  50.72 
 
 
363 aa  359  5e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1856  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.44 
 
 
349 aa  358  7e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.154474 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1046  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  51.17 
 
 
347 aa  357  9.999999999999999e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2617  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  54.14 
 
 
379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0205  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  52.79 
 
 
346 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2911  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  55.36 
 
 
350 aa  356  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2253  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  55.65 
 
 
356 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0373  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  54.73 
 
 
345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36890  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  54.89 
 
 
351 aa  353  2.9999999999999997e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1761  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  52.91 
 
 
350 aa  352  5.9999999999999994e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1317  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.36 
 
 
351 aa  351  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.124371  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0894  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  53.16 
 
 
369 aa  351  1e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000980143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02148  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  50.57 
 
 
346 aa  350  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1551  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.59 
 
 
345 aa  350  3e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2994  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  54.09 
 
 
345 aa  348  7e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.652409 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0511  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.06 
 
 
351 aa  347  1e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.799332  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2195  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.06 
 
 
351 aa  347  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.401729  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2317  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.06 
 
 
351 aa  347  1e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1088  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.06 
 
 
351 aa  347  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3566  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  53.12 
 
 
346 aa  347  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3300  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.06 
 
 
351 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.863837  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0523  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.66 
 
 
336 aa  347  2e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2185  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  54.76 
 
 
350 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.654153 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3311  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.06 
 
 
351 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0946  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  53.22 
 
 
354 aa  346  3e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3689  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.35 
 
 
352 aa  346  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  decreased coverage  0.000265107 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1758  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.84 
 
 
348 aa  345  5e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1844  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  53.89 
 
 
348 aa  345  5e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0176696  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2624  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  57.06 
 
 
351 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0665  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  50.15 
 
 
342 aa  345  8.999999999999999e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1970  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  54.68 
 
 
352 aa  345  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.023666 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3267  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  56.46 
 
 
351 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245483  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52040  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.56 
 
 
353 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3196  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.44 
 
 
346 aa  343  2e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00297919  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1700  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  51.76 
 
 
352 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156273  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0342  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.02 
 
 
342 aa  344  2e-93  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2421  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  53.25 
 
 
349 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.183179  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2106  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.48 
 
 
349 aa  342  7e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000519432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3524  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  50.85 
 
 
359 aa  342  7e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00772577  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1772  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.94 
 
 
350 aa  342  8e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000204477  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2402  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.3 
 
 
348 aa  341  1e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.507579  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1293  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.31 
 
 
350 aa  341  1e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.14528e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2994  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  53.25 
 
 
349 aa  341  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.457931  normal  0.429765 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0261  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.98 
 
 
346 aa  340  2e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1633  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.38 
 
 
352 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.117601 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1817  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.38 
 
 
348 aa  340  2e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00980836 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2992  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.3 
 
 
345 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.84534  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1465  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.55 
 
 
346 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1720  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  51.91 
 
 
368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2858  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  55.86 
 
 
351 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.693195  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>