36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7668 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7668  cytochrome c class I  100 
 
 		 181 aa  351  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6956  cytochrome c class I  85.37 
 
 		 180 aa  205  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0327018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2764  putative cytochrome c, putative soxX protein  56.52 
 
 		 138 aa  144  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0066  putative cytochrome c, putative SoxX protein  54.62 
 
 		 147 aa  128  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1157  hypothetical protein  45.19 
 
 		 150 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4156  cytochrome c class I  40 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3717  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  41.53 
 
 		 144 aa  90.5  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000435088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1909  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  39.47 
 
 		 150 aa  85.1  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00277827  normal  0.155687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3671  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  37.93 
 
 		 135 aa  83.6  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3918  hypothetical protein  37.4 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.32539 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2807  cytochrome c  36.92 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.294735 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4150  cytochrome c, class I  33.87 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0314  hypothetical protein  34.31 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.600566  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  33.91 
 
 		 370 aa  52  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0146  cytochrome c class I  32.37 
 
 		 115 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1229  cytochrome c class I  34.88 
 
 		 98 aa  50.4  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1922  sulfur oxidation protein SoxX  30.08 
 
 		 115 aa  49.3  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.113133  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0811  sulfur oxidation protein SoxX  29.36 
 
 		 115 aa  48.5  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000641747  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  32.17 
 
 		 367 aa  47  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  31.58 
 
 		 322 aa  46.2  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0697  putative cytochrome C  30.61 
 
 		 97 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3043  cytochrome c, class I  31.96 
 
 		 114 aa  45.1  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.372249  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  31.58 
 
 		 352 aa  44.7  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3452  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  32.32 
 
 		 190 aa  44.3  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0917  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  28.45 
 
 		 121 aa  44.3  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.613288  normal  0.828483 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  32.14 
 
 		 372 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  32.14 
 
 		 381 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  31.58 
 
 		 352 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  32.14 
 
 		 372 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3676  cytochrome c, class I  30.3 
 
 		 123 aa  42.7  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848793  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3334  cytochrome c family protein, putative  33.72 
 
 		 104 aa  42  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0828  cytochrome c-550  28.45 
 
 		 118 aa  41.6  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000131619  hitchhiker  6.35976e-19 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1948  hypothetical protein  33.93 
 
 		 484 aa  41.2  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4408  cytochrome c-550  28.28 
 
 		 118 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4425  cytochrome c-550  28.28 
 
 		 118 aa  40.8  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000170237  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4371  cytochrome c-550  28.28 
 
 		 118 aa  40.8  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00063902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>