18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0066 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0066  putative cytochrome c, putative SoxX protein  100 
 
 
147 aa  291  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2764  putative cytochrome c, putative soxX protein  60.31 
 
 
138 aa  168  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1157  hypothetical protein  53.96 
 
 
150 aa  147  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6956  cytochrome c class I  58.82 
 
 
180 aa  133  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0327018 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7668  cytochrome c class I  54.62 
 
 
181 aa  128  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4156  cytochrome c class I  43.38 
 
 
158 aa  115  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3671  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  39.52 
 
 
135 aa  100  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176373  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2807  cytochrome c  39.85 
 
 
160 aa  93.6  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.294735 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4150  cytochrome c, class I  39.52 
 
 
157 aa  92.8  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3717  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  36.13 
 
 
144 aa  87.4  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000435088  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3918  hypothetical protein  40.34 
 
 
156 aa  87  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.32539 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1909  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  33.33 
 
 
150 aa  78.2  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00277827  normal  0.155687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0146  cytochrome c class I  30.19 
 
 
115 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1922  sulfur oxidation protein SoxX  28.45 
 
 
115 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.113133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0917  monoheme cytochrome SoxX (sulfur oxidation)  28.57 
 
 
121 aa  43.5  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.613288  normal  0.828483 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0811  sulfur oxidation protein SoxX  25 
 
 
115 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000641747  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0314  hypothetical protein  29.25 
 
 
169 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.600566  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1948  hypothetical protein  33.64 
 
 
484 aa  40.8  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>