32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0868 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0868  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  100 
 
 		 345 aa  679    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6503  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.06 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1757  putative type IV secretion system protein VirB6  33.33 
 
 		 384 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2654  putative type IV secretion system protein VirB6/TraH  30.41 
 
 		 389 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0164  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.53 
 
 		 385 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.745375 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4850  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  29.87 
 
 		 383 aa  96.3  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3316  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  29.87 
 
 		 383 aa  96.3  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4199  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.17 
 
 		 383 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.742871 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0451  putative type IV secretion system protein VirB6/TraH  28.71 
 
 		 385 aa  92.8  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.918848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0680  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.65 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4343  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.07 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6328  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.82 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5083  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.09 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5818  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.01 
 
 		 350 aa  67  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1140  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  31.67 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0252  Type IV secretory pathway AvhB6 protein  26 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1484  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.08 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5005  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.76 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0328089  normal  0.438653 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0058  type IV secretion system protein VirB6  26.45 
 
 		 347 aa  57.4  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0064  type IV secretion system protein VirB6  26.45 
 
 		 347 aa  57.4  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.375866  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0039  TriE protein  20.79 
 
 		 364 aa  54.3  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0099  pilx6 protein  23.31 
 
 		 377 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0519524  normal  0.478 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0449  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.96 
 
 		 379 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0124171  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2658  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.96 
 
 		 303 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0260661  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4373  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.75 
 
 		 298 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.803128 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0157  hypothetical protein  25.31 
 
 		 346 aa  48.5  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2439  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.44 
 
 		 386 aa  47.4  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.589519 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0175  hypothetical protein  27.35 
 
 		 346 aa  46.6  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4441  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.84 
 
 		 376 aa  44.7  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.418646  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3708  hypothetical protein  41.38 
 
 		 391 aa  43.1  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0451943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0038  putative conjugal transfer protein  26.14 
 
 		 350 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4229  hypothetical protein  29.41 
 
 		 407 aa  42.7  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.776633  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>