More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_1378 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012029  Hlac_1378  GTP-binding protein  100 
 
 
206 aa  424  1e-118  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3560  small GTP-binding protein  71.08 
 
 
205 aa  311  3.9999999999999997e-84  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0625  GTP-binding protein  70.1 
 
 
205 aa  305  2.0000000000000002e-82  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.222196  normal  0.0984567 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1102  GTP-binding protein  68.14 
 
 
205 aa  300  1e-80  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1574  small GTP-binding protein  66.67 
 
 
205 aa  296  1e-79  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.930216  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0300  GTP-binding protein  48.22 
 
 
207 aa  202  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1907  GTP-binding protein  50.76 
 
 
209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.491891  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0823  GTP-binding protein  45.41 
 
 
190 aa  171  7.999999999999999e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0600  GTP-binding protein  42.53 
 
 
230 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.358533  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1384  GTP-binding protein  41.57 
 
 
227 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.304581  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0535  GTP-binding protein  41.57 
 
 
227 aa  159  3e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.981766  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0303  GTP-binding protein  41.01 
 
 
227 aa  157  1e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0012  GTP-binding protein  41.29 
 
 
227 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1817  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  36.18 
 
 
194 aa  75.1  0.0000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0898  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  34.84 
 
 
204 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0414  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  34.03 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1494  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  35.51 
 
 
191 aa  69.3  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0406  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.43 
 
 
201 aa  68.9  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2391  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  35.25 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2483  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  30.88 
 
 
198 aa  65.9  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.528344  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2497  small GTP-binding protein  34.9 
 
 
198 aa  64.3  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0262  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.97 
 
 
208 aa  63.5  0.000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3815  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.33 
 
 
214 aa  63.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.990986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4189  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.7 
 
 
204 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0267614  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0188  cell division checkpoint GTPase YihA  27.88 
 
 
206 aa  62.8  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0384497  normal  0.790433 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2302  GTP-binding protein HSR1-related protein  32.26 
 
 
204 aa  62.4  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000228777  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1950  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  28.77 
 
 
218 aa  62  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000597271  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1800  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  30.43 
 
 
210 aa  62  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1298  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.33 
 
 
205 aa  62  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.034569  normal  0.192806 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.12 
 
 
196 aa  61.6  0.000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000108804  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1381  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.11 
 
 
197 aa  61.6  0.000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.479238  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1643  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.11 
 
 
197 aa  61.6  0.000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00260781  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3899  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.91 
 
 
214 aa  61.2  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00203743 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2171  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  34.27 
 
 
227 aa  60.8  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2558  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.94 
 
 
205 aa  61.2  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4065  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.45 
 
 
201 aa  60.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0260  ferrous iron transport protein B  27.04 
 
 
647 aa  60.1  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1105  GTP-binding protein HSR1-related  29.03 
 
 
193 aa  60.1  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.322379 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1841  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  35.77 
 
 
220 aa  60.1  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.315807  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2391  GTP-binding protein, HSR1-related  33.8 
 
 
206 aa  60.1  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0246  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.11 
 
 
197 aa  59.7  0.00000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0886847  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2584  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.85 
 
 
193 aa  59.7  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0239384  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf693  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  28.89 
 
 
183 aa  59.3  0.00000004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1237  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.3 
 
 
195 aa  59.3  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0772533  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0078  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.89 
 
 
217 aa  59.3  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1520  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.33 
 
 
194 aa  59.3  0.00000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0868  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  34.06 
 
 
195 aa  58.9  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  30.67 
 
 
201 aa  58.9  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0553  GTP-binding protein  30.77 
 
 
200 aa  58.5  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.332717  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10280  small GTP-binding protein domain/GTP-binding conserved hypothetical protein  28.87 
 
 
201 aa  58.2  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000284353  unclonable  0.00000000129686 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3276  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.25 
 
 
200 aa  58.2  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2263  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  34.53 
 
 
192 aa  57.8  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.08167 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4587  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.872374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2672  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.1 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.922288  normal  0.0302457 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2742  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.09 
 
 
207 aa  57.4  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.313609  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1202  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.82 
 
 
226 aa  57.8  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0025495 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0595  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.41 
 
 
200 aa  57.8  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.232511  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1653  ferrous iron transport protein B  26.15 
 
 
647 aa  57.4  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.888316 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0647  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.65 
 
 
198 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1165  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.61 
 
 
194 aa  57.4  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000846962  decreased coverage  3.27635e-26 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0626  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.61 
 
 
199 aa  57.4  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0532525  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1731  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.25 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.114036  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2197  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.09 
 
 
192 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1361  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  27.98 
 
 
196 aa  57.4  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5592  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.06 
 
 
198 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.352235  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0579  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.1 
 
 
217 aa  56.6  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.161528  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3117  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.37 
 
 
207 aa  56.6  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.307135  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10530  small GTP-binding protein  30.68 
 
 
438 aa  56.6  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1765  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.25 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0951  small GTP-binding protein  31.94 
 
 
201 aa  56.6  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0247  GTPase  30.43 
 
 
198 aa  57  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0652935  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1423  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.17 
 
 
216 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.192754  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0346  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
201 aa  56.2  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0636282 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4560  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4366  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4202  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.387044  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0361  small GTP-binding protein  32.12 
 
 
194 aa  56.6  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4213  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4605  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0443  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.33 
 
 
200 aa  56.2  0.0000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.793464  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5082  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.8 
 
 
216 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224728  normal  0.787619 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4701  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1569  ferrous iron transport protein B  28.66 
 
 
646 aa  56.2  0.0000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0935  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.56 
 
 
204 aa  56.2  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0118155  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4314  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.97 
 
 
198 aa  56.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4556  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.19 
 
 
198 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3013  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  33.54 
 
 
206 aa  55.5  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1891  GTP-binding protein, HSR1-related  31.71 
 
 
232 aa  55.5  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0212  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.86 
 
 
207 aa  55.8  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3340  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  29.53 
 
 
231 aa  55.8  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2298  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  27.92 
 
 
192 aa  55.8  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5378  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.48 
 
 
216 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3669  small GTP-binding protein  30.43 
 
 
218 aa  55.8  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1311  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.16 
 
 
198 aa  55.5  0.0000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.0010673  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1359  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  26.02 
 
 
195 aa  55.5  0.0000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.162562  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0275  GTP-binding protein HSR1-related protein  28.66 
 
 
191 aa  55.5  0.0000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0596  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  32.32 
 
 
207 aa  55.5  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.502995  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3352  small GTP-binding protein  30.07 
 
 
201 aa  55.5  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0529081  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0456  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  27.59 
 
 
219 aa  55.5  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0574752  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1273  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  31.25 
 
 
195 aa  55.5  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.256422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>