More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2263 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2263  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  100 
 
 
192 aa  395  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.08167 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2032  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  74.48 
 
 
192 aa  296  2e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0524569 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2197  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  64.4 
 
 
192 aa  252  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0212  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  63.16 
 
 
207 aa  247  8e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0321  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  63.16 
 
 
193 aa  241  7e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1817  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  59.36 
 
 
194 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2391  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  57.89 
 
 
192 aa  229  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0465  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.16 
 
 
204 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2558  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  48.95 
 
 
205 aa  163  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2497  small GTP-binding protein  43.37 
 
 
198 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1381  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  44.44 
 
 
197 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.479238  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1643  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  45.31 
 
 
197 aa  161  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00260781  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1117  GTP-binding protein HSR1-related  42.49 
 
 
197 aa  160  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1105  GTP-binding protein HSR1-related  43.62 
 
 
193 aa  159  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.322379 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2584  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  45.2 
 
 
193 aa  158  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0239384  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2302  GTP-binding protein HSR1-related protein  44.62 
 
 
204 aa  158  6e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000228777  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3352  small GTP-binding protein  43.92 
 
 
201 aa  157  7e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0529081  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0868  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.21 
 
 
195 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2298  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.7 
 
 
192 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1652  GTP-binding protein  43.62 
 
 
219 aa  154  9e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3183  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.24 
 
 
198 aa  154  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0320  small GTP-binding protein  44.94 
 
 
197 aa  154  1e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3013  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.49 
 
 
206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06570  GTP-binding protein  42.11 
 
 
202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3899  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.02 
 
 
214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00203743 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2742  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.47 
 
 
207 aa  151  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.313609  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3815  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.02 
 
 
214 aa  151  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.990986  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1311  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.62 
 
 
198 aa  151  7e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.0010673  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0377  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.36 
 
 
195 aa  150  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.247642  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1361  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  45.74 
 
 
196 aa  150  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0879  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  48.98 
 
 
216 aa  149  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314743  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4367  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.86 
 
 
201 aa  149  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0139  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.7 
 
 
200 aa  149  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0124  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.7 
 
 
200 aa  149  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3952  GTP-binding protein HSR1-related  40.31 
 
 
202 aa  149  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0667  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  48.43 
 
 
200 aa  149  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0976  GTP-binding protein HSR1-related  44.21 
 
 
201 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4587  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.72 
 
 
198 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.872374  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2407  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.32 
 
 
220 aa  149  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.61666  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14900  GTP-binding protein HSR1-related  38.71 
 
 
199 aa  149  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.527689  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2867  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.79 
 
 
216 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2774  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.79 
 
 
216 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.199126  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0647  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.16 
 
 
198 aa  148  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2672  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  38.38 
 
 
216 aa  148  6e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.922288  normal  0.0302457 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2716  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  44.62 
 
 
199 aa  147  6e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.042273  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4560  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.38 
 
 
198 aa  147  8e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4366  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.38 
 
 
198 aa  147  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4202  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.38 
 
 
198 aa  147  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.387044  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4213  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.38 
 
 
198 aa  147  8e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4605  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.38 
 
 
198 aa  147  8e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4701  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.38 
 
 
198 aa  147  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4556  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.38 
 
 
198 aa  147  8e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0626  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.47 
 
 
199 aa  147  8e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0532525  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1096  GTP-binding protein HSR1-related  48.12 
 
 
193 aa  147  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000626094  hitchhiker  0.0000000000000161313 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3570  GTP-binding protein, HSR1-related  41.03 
 
 
214 aa  146  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.777436  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4314  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.62 
 
 
198 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4189  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.74 
 
 
204 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0267614  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0247  GTPase  41.4 
 
 
198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0652935  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0596  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.08 
 
 
207 aa  145  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.502995  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2690  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.11 
 
 
228 aa  144  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.633717  normal  0.0200089 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3092  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.11 
 
 
228 aa  144  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2681  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.27 
 
 
216 aa  144  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.768728  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1359  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.58 
 
 
195 aa  144  9e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.162562  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0346  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.84 
 
 
201 aa  144  1e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0636282 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10280  small GTP-binding protein domain/GTP-binding conserved hypothetical protein  52.35 
 
 
201 aa  143  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000284353  unclonable  0.00000000129686 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0456  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.71 
 
 
200 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3669  small GTP-binding protein  41.8 
 
 
218 aa  143  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1531  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.62 
 
 
219 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.348645  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0047  GTP-binding protein, HSR1-related  39.89 
 
 
212 aa  142  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165704  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3276  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.96 
 
 
200 aa  142  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3117  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.3 
 
 
207 aa  142  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.307135  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0414  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.45 
 
 
200 aa  142  4e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1327  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.53 
 
 
195 aa  142  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220989  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0003  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.17 
 
 
219 aa  141  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0524165 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001916  GTP-binding protein EngB  41.58 
 
 
219 aa  141  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00788196  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1076  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  45.56 
 
 
205 aa  141  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.101561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00574  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.05 
 
 
223 aa  140  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1273  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  39.25 
 
 
195 aa  140  8e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.256422  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1765  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  36.55 
 
 
196 aa  140  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5592  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.41 
 
 
198 aa  140  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.352235  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1731  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  36.55 
 
 
196 aa  140  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.114036  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2857  cell division checkpoint GTPase YihA  46.26 
 
 
206 aa  140  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.956898  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1237  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.11 
 
 
195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0772533  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0361  small GTP-binding protein  40.74 
 
 
194 aa  139  1.9999999999999998e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3966  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.71 
 
 
220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000926222  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4052  GTP-binding protein, HSR1-related  38.74 
 
 
198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0617  hypothetical protein  38.62 
 
 
210 aa  139  3e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0188  cell division checkpoint GTPase YihA  42.08 
 
 
206 aa  139  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0384497  normal  0.790433 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0634  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.49 
 
 
218 aa  139  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0228  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.86 
 
 
224 aa  139  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0332  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.17 
 
 
231 aa  139  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.914779  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0380  GTP-binding protein HSR1-related  42.26 
 
 
201 aa  138  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000322823  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4886  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  46.26 
 
 
216 aa  138  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000426036  hitchhiker  0.00000426243 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0654  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  37.63 
 
 
196 aa  138  4.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000108804  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2171  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  42.54 
 
 
227 aa  137  7e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0378  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.24 
 
 
225 aa  137  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753804  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0625  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  40.25 
 
 
220 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3148  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  43.4 
 
 
228 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7093  small GTP-binding protein  45.39 
 
 
202 aa  137  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000783147  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1800  ribosome biogenesis GTP-binding protein YsxC  41.45 
 
 
210 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>