26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3477 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3477  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 60 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1256  phage transcriptional regulator, AlpA  62.71 
 
 		 64 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1968  phage transcriptional regulator, AlpA  55.77 
 
 		 72 aa  71.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0901685  normal  0.059551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2070  hypothetical protein  50.72 
 
 		 76 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21456  normal  0.582697 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2991  hypothetical protein  47.76 
 
 		 73 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3251  hypothetical protein  51.52 
 
 		 77 aa  67  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3167  phage transcriptional regulator, AlpA  52.08 
 
 		 72 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.786341  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2246  prophage CP4-57 regulatory  52.94 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0255  prophage CP4-57 regulatory  47.46 
 
 		 77 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.883107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  53.06 
 
 		 74 aa  59.7  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2699  hypothetical protein  49.25 
 
 		 72 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000249583  hitchhiker  0.000191723 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2566  prophage CP4-57 regulatory  50 
 
 		 91 aa  58.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1625  phage transcriptional regulator, AlpA  51.16 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.807663  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1562  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 79 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.544133  normal  0.10217 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2725  hypothetical protein  46.51 
 
 		 48 aa  47  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 57 aa  45.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1227  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0127458  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1131  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 69 aa  44.3  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.232619  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 70 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3119  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 		 58 aa  42  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000632591  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  41.3 
 
 		 69 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  40.74 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3451  phage transcriptional regulator, AlpA  28.85 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  40.74 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>