37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1968 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1968  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
72 aa  154  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0901685  normal  0.059551 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1256  phage transcriptional regulator, AlpA  54.24 
 
 
64 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3477  phage transcriptional regulator, AlpA  55.77 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3251  hypothetical protein  50 
 
 
77 aa  65.1  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3167  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 
72 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.786341  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0255  prophage CP4-57 regulatory  41.1 
 
 
77 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.883107  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2246  prophage CP4-57 regulatory  44.44 
 
 
91 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 
74 aa  58.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2566  prophage CP4-57 regulatory  46.43 
 
 
91 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1625  phage transcriptional regulator, AlpA  37.14 
 
 
77 aa  57.8  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.807663  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2070  hypothetical protein  39.73 
 
 
76 aa  57  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21456  normal  0.582697 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2991  hypothetical protein  41.67 
 
 
73 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1562  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
79 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.544133  normal  0.10217 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2725  hypothetical protein  51.28 
 
 
48 aa  53.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1227  phage transcriptional regulator, AlpA  35.59 
 
 
78 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0127458  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 
71 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2699  hypothetical protein  45.16 
 
 
72 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000249583  hitchhiker  0.000191723 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3119  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 
58 aa  50.1  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000632591  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0638  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 
66 aa  48.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0720576 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2398  Phage transcriptional regulator, AlpA  32.84 
 
 
103 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0592161  normal  0.404854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 
77 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3451  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 
76 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0279  prophage CP4-57 regulatory protein  34 
 
 
72 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00300713  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 
70 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  32.69 
 
 
73 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  36.96 
 
 
78 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
66 aa  42  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  32.84 
 
 
75 aa  41.6  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 
57 aa  41.2  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0909  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 
65 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1131  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 
69 aa  41.2  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.232619  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  39.13 
 
 
56 aa  41.2  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  32.2 
 
 
88 aa  40.8  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  28.81 
 
 
75 aa  40.8  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  31.91 
 
 
103 aa  40.4  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 
67 aa  40  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 
67 aa  40  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>