26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1256 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1256  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
64 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3251  hypothetical protein  65.22 
 
 
77 aa  83.6  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3477  phage transcriptional regulator, AlpA  62.71 
 
 
60 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2070  hypothetical protein  57.35 
 
 
76 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21456  normal  0.582697 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2991  hypothetical protein  53.62 
 
 
73 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1968  phage transcriptional regulator, AlpA  54.24 
 
 
72 aa  71.6  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0901685  normal  0.059551 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1625  phage transcriptional regulator, AlpA  59.18 
 
 
77 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.807663  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0255  prophage CP4-57 regulatory  54.1 
 
 
77 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.883107  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2246  prophage CP4-57 regulatory  52.63 
 
 
91 aa  63.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2566  prophage CP4-57 regulatory  51.72 
 
 
91 aa  63.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2699  hypothetical protein  53.03 
 
 
72 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000249583  hitchhiker  0.000191723 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 
74 aa  57  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1562  phage transcriptional regulator, AlpA  44.26 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.544133  normal  0.10217 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3167  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 
72 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.786341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2725  hypothetical protein  51.02 
 
 
48 aa  54.7  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2647  phage transcriptional regulator, AlpA  42.25 
 
 
99 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.561407  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3451  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 
76 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1227  phage transcriptional regulator, AlpA  29.82 
 
 
78 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0127458  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 
57 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0638  phage transcriptional regulator, AlpA  48.98 
 
 
66 aa  44.3  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0720576 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
71 aa  43.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3119  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 
58 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000632591  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2916  hypothetical protein  36.54 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0151072 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0909  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 
65 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1131  phage transcriptional regulator, AlpA  31.03 
 
 
69 aa  40.8  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.232619  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0347  phage transcriptional regulator, AlpA  42.22 
 
 
81 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>