More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3946 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3946  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 428 aa  862    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.769187 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1293  tyrosyl-tRNA synthetase  43.82 
 
 		 421 aa  363  3e-99  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1819  tyrosyl-tRNA synthetase  43.59 
 
 		 420 aa  362  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1784  tyrosyl-tRNA synthetase  43.59 
 
 		 420 aa  362  1e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2069  tyrosyl-tRNA synthetase  44.62 
 
 		 424 aa  353  4e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.309186  normal  0.0187777 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1631  tyrosyl-tRNA synthetase  41.49 
 
 		 431 aa  352  8.999999999999999e-96  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0714  tyrosyl-tRNA synthetase  44.39 
 
 		 419 aa  344  2e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1792  tyrosyl-tRNA synthetase  44.88 
 
 		 424 aa  343  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.787858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3333  tyrosyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 		 418 aa  339  5e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4796  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 		 418 aa  335  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.152048  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4556  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4391  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.692977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4407  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4911  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.025731  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4488  tyrosyl-tRNA synthetase  42.06 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4776  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4793  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00466157  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2683  tyrosyl-tRNA synthetase  43.69 
 
 		 425 aa  333  3e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0466  tyrosyl-tRNA synthetase  42.15 
 
 		 418 aa  332  5e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000461262  hitchhiker  0.000000000000286759 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4770  tyrosyl-tRNA synthetase  42.15 
 
 		 418 aa  332  5e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.110576  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2725  tyrosyl-tRNA synthetase  40.89 
 
 		 419 aa  331  2e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000458338  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0237  tyrosyl-tRNA synthetase  43.36 
 
 		 420 aa  328  8e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000657814  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0017  tyrosyl-tRNA synthetase  42.89 
 
 		 434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  39.26 
 
 		 431 aa  327  3e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.721032  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0855  tyrosyl-tRNA synthetase  42.04 
 
 		 426 aa  327  3e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00588538  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  40.37 
 
 		 426 aa  327  3e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000101088 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000651  tyrosyl-tRNA synthetase  41.8 
 
 		 419 aa  325  7e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0158  tyrosyl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 419 aa  324  2e-87  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0103805  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0550  tyrosyl-tRNA synthetase  40.18 
 
 		 431 aa  321  9.999999999999999e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1536  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 		 427 aa  321  9.999999999999999e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.280779  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0033  tyrosyl-tRNA synthetase  39.49 
 
 		 420 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0005431 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5215  tyrosyl-tRNA synthetase  39.25 
 
 		 420 aa  320  3e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236736  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0921  tyrosyl-tRNA synthetase  41.77 
 
 		 423 aa  320  3e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0622234  normal  0.218406 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2160  tyrosyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 425 aa  319  5e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000000761331  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1815  tyrosyl-tRNA synthetase  40.38 
 
 		 417 aa  319  5e-86  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4797  tyrosyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 		 419 aa  318  9e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2021  tyrosyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 421 aa  318  9e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.146083 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4777  tyrosyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 		 419 aa  318  1e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3175  tyrosyl-tRNA synthetase  41.05 
 
 		 424 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0885439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06520  tyrosyl-tRNA synthetase  40.79 
 
 		 418 aa  318  1e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4898  tyrosyl-tRNA synthetase  38.97 
 
 		 420 aa  318  1e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4936  tyrosyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 		 419 aa  318  2e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5179  tyrosyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 		 419 aa  318  2e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.731963 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5314  tyrosyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 		 419 aa  318  2e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2377  tyrosyl-tRNA synthetase  41.88 
 
 		 425 aa  317  2e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.898787  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0113  tyrosyl-tRNA synthetase  42.59 
 
 		 432 aa  316  4e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.397659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5228  tyrosyl-tRNA synthetase  38.79 
 
 		 419 aa  316  4e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5211  tyrosyl-tRNA synthetase  38.79 
 
 		 419 aa  316  5e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1979  tyrosyl-tRNA synthetase  43.36 
 
 		 423 aa  316  7e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0364525  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1507  tyrosyl-tRNA synthetase  39.01 
 
 		 427 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0498725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2661  tyrosyl-tRNA synthetase  40.78 
 
 		 425 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.847771  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0263  tyrosyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 		 430 aa  312  7.999999999999999e-84  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6068  Tyrosine--tRNA ligase  43.78 
 
 		 422 aa  310  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5445  tyrosyl-tRNA synthetase  44.24 
 
 		 427 aa  310  2e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2044  tyrosyl-tRNA synthetase  39.76 
 
 		 415 aa  311  2e-83  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2043  tyrosyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 		 447 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1727  tyrosyl-tRNA synthetase  41.32 
 
 		 424 aa  309  5e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1847  tyrosyl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 418 aa  309  8e-83  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.032326  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0639  tyrosyl-tRNA synthetase  37.35 
 
 		 414 aa  308  9e-83  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.529761  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  40.78 
 
 		 424 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1694  tyrosyl-tRNA synthetase  40.41 
 
 		 424 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.239881  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1773  tyrosyl-tRNA synthetase  40.78 
 
 		 424 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3040  tyrosyl-tRNA synthetase  44.19 
 
 		 432 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.485663 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1071  tyrosyl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 448 aa  306  3e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000119232  hitchhiker  0.000872394 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2554  tyrosyl-tRNA synthetase  40.78 
 
 		 424 aa  307  3e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.268251  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2003  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00229572  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1829  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1992  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.013475 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2349  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0752557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1847  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000014829  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1713  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.205571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1562  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1512  tyrosyl-tRNA synthetase  43.2 
 
 		 437 aa  306  5.0000000000000004e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.675867  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1894  tyrosyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 		 424 aa  306  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1546  tyrosyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 		 424 aa  306  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.146335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1725  tyrosyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 		 424 aa  306  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00254392  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1559  tyrosyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 		 424 aa  306  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.363334 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1619  tyrosyl-tRNA synthetase  40.85 
 
 		 424 aa  306  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal  0.630181 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12330  tyrosyl-tRNA synthetase  43.27 
 
 		 442 aa  305  8.000000000000001e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0366045  normal  0.371882 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01607  tyrosyl-tRNA synthetase  39.91 
 
 		 424 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01597  hypothetical protein  39.91 
 
 		 424 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1511  tyrosyl-tRNA synthetase  42.55 
 
 		 437 aa  303  3.0000000000000004e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000132583 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3316  tyrosyl-tRNA synthetase  38.82 
 
 		 428 aa  303  5.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.355813 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2219  tyrosyl-tRNA synthetase  39.63 
 
 		 424 aa  303  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000697542 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25540  tyrosyl-tRNA synthetase  44.37 
 
 		 424 aa  302  7.000000000000001e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3020  tyrosyl-tRNA synthetase  44.24 
 
 		 424 aa  302  7.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1624  tyrosyl-tRNA synthetase  44.29 
 
 		 411 aa  301  1e-80  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11705  tyrosyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 		 424 aa  301  2e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.316613 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1896  tyrosyl-tRNA synthetase  43.1 
 
 		 428 aa  300  2e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000455541 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3297  tyrosyl-tRNA synthetase  41.07 
 
 		 433 aa  300  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1905  tyrosyl-tRNA synthetase  43.94 
 
 		 428 aa  300  3e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13251  normal  0.168807 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22230  tyrosyl-tRNA synthetase  44.58 
 
 		 420 aa  300  4e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0431  tyrosyl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 419 aa  300  4e-80  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0825328  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  40.14 
 
 		 424 aa  298  9e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00221389  decreased coverage  0.000321192 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0587  hypothetical protein  37.94 
 
 		 427 aa  297  3e-79  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  39.81 
 
 		 433 aa  296  4e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000172362  normal  0.328183 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1088  tyrosyl-tRNA synthetase  39.67 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.200739 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0148  tyrosyl-tRNA synthetase  39.29 
 
 		 416 aa  294  2e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000162194  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1564  tyrosyl-tRNA synthetase  40.52 
 
 		 425 aa  292  6e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3513  tyrosyl-tRNA synthetase  45.43 
 
 		 425 aa  291  1e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.253685 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>