More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2829 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2829  response regulator receiver protein  100 
 
 		 126 aa  247  4e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.597834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2332  response regulator receiver protein  83.33 
 
 		 122 aa  201  4e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3609  response regulator receiver domain-containing protein  76.27 
 
 		 122 aa  181  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0187  response regulator receiver protein  62.61 
 
 		 122 aa  135  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.283319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1110  response regulator receiver protein  58.77 
 
 		 117 aa  124  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0458  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 120 aa  93.6  9e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2959  two component signal transduction response regulator  48.18 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.888929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0854  response regulator receiver protein  47.27 
 
 		 124 aa  90.1  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3403  response regulator receiver protein  43.44 
 
 		 124 aa  88.2  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.809384  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3466  response regulator receiver protein  44.14 
 
 		 125 aa  87.4  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3253  response regulator  44.92 
 
 		 123 aa  86.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0406  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 126 aa  84.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0029  response regulator receiver protein  41.44 
 
 		 126 aa  84  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3179  response regulator receiver domain-containing protein  46.36 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.164981 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1627  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 119 aa  80.9  0.000000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0460  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 119 aa  77.4  0.00000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.903697  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1469  response regulator receiver protein  45.05 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1423  response regulator receiver protein  45.05 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0027  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  35.71 
 
 		 455 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0029  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.71 
 
 		 455 aa  71.2  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.59486  normal  0.125276 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1426  response regulator receiver protein  40.37 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3178  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 135 aa  67  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00591737  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5385  DNA-binding response regulator  39.67 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5569  DNA-binding response regulator  39.67 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 589 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.18 
 
 		 446 aa  65.1  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5055  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 223 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1745  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  33.87 
 
 		 225 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5113  DNA-binding response regulator  39.02 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00211772  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5504  DNA-binding response regulator  39.02 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3373  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.584151  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2784  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0945133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  34.68 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0734  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  32.74 
 
 		 477 aa  62.4  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.942918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5379  DNA-binding response regulator  38.02 
 
 		 223 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4944  DNA-binding response regulator  38.02 
 
 		 223 aa  62  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0109954  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4959  DNA-binding response regulator  38.02 
 
 		 223 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000160223  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  36.97 
 
 		 231 aa  62  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5353  DNA-binding response regulator  38.02 
 
 		 223 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  36.97 
 
 		 231 aa  62  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.67 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 457 aa  61.2  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3345  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 483 aa  61.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2177  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.27 
 
 		 470 aa  61.6  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 454 aa  61.2  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.87 
 
 		 466 aa  60.8  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5134  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0135031  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5466  stage 0 sporulation protein F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0750811  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  33.6 
 
 		 238 aa  60.8  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5429  sporulation initiation phosphotransferase F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.26925e-31 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5185  stage 0 sporulation protein F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0413406  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5020  stage 0 sporulation protein F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000180816  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5036  stage 0 sporulation protein F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000486089  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5581  stage 0 sporulation protein F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132264  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5493  sporulation initiation phosphotransferase F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000162821  unclonable  2.17721e-26 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 227 aa  60.8  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 227 aa  60.8  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5514  sporulation initiation phosphotransferase F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000170867  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5459  sporulation initiation phosphotransferase F  34.17 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000856307  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1341  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.87 
 
 		 226 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5433  DNA-binding response regulator  37.19 
 
 		 223 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  34.71 
 
 		 236 aa  60.5  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.61 
 
 		 251 aa  60.1  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.43 
 
 		 457 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  32.26 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0237  response regulator receiver  35.85 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4841  response regulator receiver protein  33.03 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.202718  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0768  two component signal transduction response regulator  32.54 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000566504  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2406  response regulator receiver domain-containing protein  34.48 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 460 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0996419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0182  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.85 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.745426 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.34 
 
 		 450 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5048  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  33.33 
 
 		 478 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.71 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  34.71 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  31.2 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  32.26 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0904  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.83 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.936287  normal  0.32173 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.2 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003533  putative LuxO repressor protein  35 
 
 		 503 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1771  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2366  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 385 aa  59.3  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000342445  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0415  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  32 
 
 		 478 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.855382 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4923  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  33.33 
 
 		 478 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.924842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0976  anti-sigma-factor antagonist  33.6 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3787  transposase  35.59 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  31.2 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  32.8 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.58 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5101  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  32 
 
 		 478 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>