More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2789 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2789  hypothetical protein  100 
 
 
151 aa  291  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.769709  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4143  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  71.43 
 
 
149 aa  207  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0816552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1218  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.43 
 
 
142 aa  189  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1926  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  80.62 
 
 
144 aa  189  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512826  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0911  cytidine and deoxycytidylate deaminase  62.67 
 
 
149 aa  179  8.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.312122  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  67.11 
 
 
164 aa  179  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3095  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.58 
 
 
147 aa  178  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.786655  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.14 
 
 
173 aa  174  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0184  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  59.44 
 
 
204 aa  174  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0205  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  59.44 
 
 
157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0427  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.07 
 
 
171 aa  171  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0415  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.67 
 
 
149 aa  169  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.605346 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0521  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.31 
 
 
145 aa  166  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0941  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  76.35 
 
 
150 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180946  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0476  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.24 
 
 
145 aa  164  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2267  hypothetical protein  77.59 
 
 
150 aa  159  9e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0504375  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.78 
 
 
155 aa  159  9e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3870  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.64 
 
 
147 aa  159  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0619986 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4179  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.64 
 
 
147 aa  159  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4326  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.94 
 
 
147 aa  159  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.688995  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2551  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  57.34 
 
 
148 aa  157  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.107388  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.34 
 
 
158 aa  157  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0908  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.16 
 
 
148 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.464954  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  56.76 
 
 
151 aa  154  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.94 
 
 
148 aa  153  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.77 
 
 
146 aa  152  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00262263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  61.24 
 
 
158 aa  152  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183859  normal  0.29725 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2230  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  76.99 
 
 
114 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000174043  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3172  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.64 
 
 
148 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0411701  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1476  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.46 
 
 
151 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1211  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding protein  52.45 
 
 
148 aa  151  2.9999999999999998e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0208856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1908  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.14 
 
 
151 aa  150  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4636  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.94 
 
 
146 aa  149  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0650  tRNA-adenosine deaminase  58.14 
 
 
159 aa  147  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1700  tRNA-adenosine deaminase  55.24 
 
 
148 aa  147  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448042  normal  0.760302 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.96 
 
 
162 aa  142  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.94 
 
 
158 aa  142  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1170  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.94 
 
 
148 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.358945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1355  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.26 
 
 
148 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.939679  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1609  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.08 
 
 
165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0448042  normal  0.295189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2323  tRNA-adenosine deaminase  58.14 
 
 
150 aa  137  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.034799 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1603  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.3 
 
 
161 aa  136  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0633824  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  50.69 
 
 
150 aa  135  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0619  tRNA-adenosine deaminase  54.33 
 
 
174 aa  136  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0703101 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2012  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.26 
 
 
178 aa  134  6.0000000000000005e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168679  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2031  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.55 
 
 
195 aa  133  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  48 
 
 
168 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0498  cytosine deaminase, putative  46.26 
 
 
153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.490204 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0280  tRNA-adenosine deaminase  49.66 
 
 
176 aa  128  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.59 
 
 
158 aa  128  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  41.84 
 
 
160 aa  128  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  48.25 
 
 
144 aa  128  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.21 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  46.21 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4048  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.47 
 
 
144 aa  127  6e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  48.32 
 
 
150 aa  127  8.000000000000001e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0777  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44 
 
 
155 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9319  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.67 
 
 
154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.95 
 
 
159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.15 
 
 
152 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.75 
 
 
142 aa  124  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.22 
 
 
148 aa  124  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.25 
 
 
158 aa  124  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0608  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.36 
 
 
154 aa  124  5e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.740984  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0624  tRNA-adenosine deaminase  40.82 
 
 
153 aa  123  8.000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1317  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  46.85 
 
 
175 aa  123  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.92 
 
 
154 aa  123  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  46.85 
 
 
152 aa  122  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0277  tRNA-adenosine deaminase  48.95 
 
 
143 aa  122  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.681033  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0483  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.48 
 
 
176 aa  122  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.705581 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.05 
 
 
150 aa  122  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0357  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.32 
 
 
154 aa  121  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3399  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.18 
 
 
154 aa  121  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.837271  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  42.66 
 
 
158 aa  120  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.18 
 
 
154 aa  121  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  44.14 
 
 
177 aa  120  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3540  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.45 
 
 
162 aa  119  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00955446 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44 
 
 
168 aa  119  9.999999999999999e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0449  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  44.68 
 
 
140 aa  119  9.999999999999999e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  47.22 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  43.84 
 
 
165 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  46.32 
 
 
137 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0014  tRNA-adenosine deaminase  37.06 
 
 
158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574394  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1997  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.55 
 
 
411 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.382734 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  41.78 
 
 
170 aa  118  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1942  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.67 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15680  hypothetical protein  49.61 
 
 
182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0652995  hitchhiker  0.000000000000295358 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0300  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.44 
 
 
165 aa  118  3e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.018226  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0469  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  44.76 
 
 
135 aa  118  3e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0328  cytosine deaminase  44.44 
 
 
165 aa  118  3e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775757  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2778  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  42.07 
 
 
165 aa  117  4.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.59 
 
 
154 aa  117  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3044  tRNA-specific adenosine deaminase  42.86 
 
 
169 aa  117  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.0227305 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.52 
 
 
166 aa  117  7e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  46.15 
 
 
165 aa  117  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0031  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.1 
 
 
148 aa  116  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000369042  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0158  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.67 
 
 
190 aa  116  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.76 
 
 
160 aa  116  9e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  47.59 
 
 
146 aa  116  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.76 
 
 
164 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>