More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2323 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2323  tRNA-adenosine deaminase  100 
 
 
150 aa  296  5e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.034799 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  72.97 
 
 
155 aa  208  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  66.22 
 
 
151 aa  193  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3172  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.21 
 
 
148 aa  192  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0411701  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.21 
 
 
148 aa  189  9e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2551  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  64.14 
 
 
148 aa  189  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.107388  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3095  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.08 
 
 
147 aa  186  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.786655  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1700  tRNA-adenosine deaminase  62.07 
 
 
148 aa  184  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448042  normal  0.760302 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0908  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  63.38 
 
 
148 aa  183  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.464954  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.28 
 
 
158 aa  179  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1170  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  68.5 
 
 
148 aa  178  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.358945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1355  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.41 
 
 
148 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.939679  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0415  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.79 
 
 
149 aa  177  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.605346 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.14 
 
 
173 aa  175  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1211  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding protein  57.34 
 
 
148 aa  175  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0208856  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0184  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  60.14 
 
 
204 aa  174  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4326  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  69.53 
 
 
147 aa  173  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.688995  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.86 
 
 
164 aa  173  7e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0205  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  60.14 
 
 
157 aa  172  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.9 
 
 
158 aa  171  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183859  normal  0.29725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4179  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  69.53 
 
 
147 aa  170  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4636  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.19 
 
 
146 aa  170  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3870  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.75 
 
 
147 aa  169  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0619986 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.94 
 
 
146 aa  167  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00262263 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0427  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.14 
 
 
171 aa  167  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1218  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.56 
 
 
142 aa  165  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0911  cytidine and deoxycytidylate deaminase  60.56 
 
 
149 aa  164  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.312122  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1908  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.63 
 
 
151 aa  162  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0521  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.45 
 
 
145 aa  161  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0476  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.04 
 
 
145 aa  160  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0573  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  57.04 
 
 
139 aa  152  2e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0449  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  53.52 
 
 
140 aa  152  2e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  70.31 
 
 
162 aa  151  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0619  tRNA-adenosine deaminase  61.42 
 
 
174 aa  149  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0703101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0650  tRNA-adenosine deaminase  63.89 
 
 
159 aa  144  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  50.7 
 
 
177 aa  143  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  52.11 
 
 
152 aa  142  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4143  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.64 
 
 
149 aa  142  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0816552 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1476  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.59 
 
 
151 aa  141  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  57.86 
 
 
484 aa  140  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_002978  WD0469  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  51.41 
 
 
135 aa  139  9.999999999999999e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.37 
 
 
231 aa  138  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  50.7 
 
 
168 aa  137  6e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.7 
 
 
159 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.31 
 
 
182 aa  136  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.31 
 
 
182 aa  136  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  50.34 
 
 
151 aa  135  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  52.82 
 
 
168 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1573  tRNA-adenosine deaminase  50 
 
 
189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  48.61 
 
 
183 aa  134  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.82 
 
 
154 aa  134  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1712  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50.35 
 
 
167 aa  134  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.344098  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2012  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.94 
 
 
178 aa  134  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168679  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.47 
 
 
461 aa  134  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.91 
 
 
475 aa  133  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  50 
 
 
165 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.53 
 
 
169 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.3 
 
 
166 aa  133  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.89 
 
 
189 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1997  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.82 
 
 
411 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.382734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.84 
 
 
361 aa  131  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  51.37 
 
 
155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.84 
 
 
361 aa  131  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  49.3 
 
 
163 aa  131  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1748  tRNA-adenosine deaminase  52.11 
 
 
205 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00208224  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.3 
 
 
148 aa  130  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0941  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  67.83 
 
 
150 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180946  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2267  hypothetical protein  66.96 
 
 
150 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0504375  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.39 
 
 
168 aa  130  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  50 
 
 
146 aa  130  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2286  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.41 
 
 
363 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  48.59 
 
 
177 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  51.75 
 
 
144 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1883  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.35 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839631  normal  0.641763 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0741  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  52.45 
 
 
177 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0888  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.45 
 
 
177 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  52.08 
 
 
154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.8 
 
 
187 aa  128  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.89 
 
 
152 aa  128  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  49.3 
 
 
193 aa  128  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39680  Cytidine/deoxycytidylate deaminase-like protein  52.11 
 
 
158 aa  127  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774336  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.61 
 
 
170 aa  127  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5283  tRNA-adenosine deaminase  55.07 
 
 
159 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1992  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.07 
 
 
159 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6109  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.07 
 
 
159 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1968  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.07 
 
 
159 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  53.23 
 
 
196 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50 
 
 
158 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0612  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.41 
 
 
153 aa  127  6e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.53 
 
 
156 aa  127  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  46.53 
 
 
156 aa  127  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.89 
 
 
152 aa  127  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  45.83 
 
 
222 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1926  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  60.47 
 
 
144 aa  126  8.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512826  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  47.97 
 
 
178 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.97 
 
 
167 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  47.97 
 
 
178 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  47.97 
 
 
167 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.82 
 
 
142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>