More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1926 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1926  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  100 
 
 
144 aa  283  4e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512826  normal  0.748539 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4143  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  72.03 
 
 
149 aa  202  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0816552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1218  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.73 
 
 
142 aa  187  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.03 
 
 
173 aa  184  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  69.47 
 
 
164 aa  184  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3095  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  67.13 
 
 
147 aa  183  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.786655  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0476  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.19 
 
 
145 aa  182  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0521  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.58 
 
 
145 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0184  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  62.24 
 
 
204 aa  181  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0205  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  62.24 
 
 
157 aa  180  7e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0427  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  67.44 
 
 
171 aa  177  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0415  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  64.34 
 
 
149 aa  176  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.605346 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0223  tRNA-adenosine deaminase  65.73 
 
 
151 aa  172  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2749  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  62.94 
 
 
155 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0911  cytidine and deoxycytidylate deaminase  62.24 
 
 
149 aa  171  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.312122  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3870  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.99 
 
 
147 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0619986 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4179  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.99 
 
 
147 aa  170  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4326  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.22 
 
 
147 aa  169  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.688995  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.92 
 
 
146 aa  167  6e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00262263 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2789  hypothetical protein  80.62 
 
 
151 aa  162  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.769709  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  62.31 
 
 
158 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183859  normal  0.29725 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  72.32 
 
 
162 aa  160  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2551  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  59.44 
 
 
148 aa  159  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.107388  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  63.85 
 
 
158 aa  159  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103435  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1908  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65 
 
 
151 aa  158  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0941  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  77.69 
 
 
150 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180946  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0908  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.74 
 
 
148 aa  155  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.464954  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2267  hypothetical protein  76.52 
 
 
150 aa  154  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0504375  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1272  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.04 
 
 
148 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3172  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  57.34 
 
 
148 aa  152  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0411701  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4636  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.62 
 
 
146 aa  151  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1211  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding protein  53.1 
 
 
148 aa  150  7e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0208856  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1700  tRNA-adenosine deaminase  54.55 
 
 
148 aa  148  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448042  normal  0.760302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1355  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.14 
 
 
148 aa  148  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.939679  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2230  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  75.22 
 
 
114 aa  148  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000174043  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1170  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  59.38 
 
 
148 aa  145  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.358945 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2323  tRNA-adenosine deaminase  60.47 
 
 
150 aa  140  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.034799 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1476  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.38 
 
 
151 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  50.35 
 
 
150 aa  136  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0650  tRNA-adenosine deaminase  56.59 
 
 
159 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0619  tRNA-adenosine deaminase  52.34 
 
 
174 aa  130  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0703101 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2031  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.47 
 
 
195 aa  130  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.55 
 
 
150 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1609  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.39 
 
 
165 aa  128  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0448042  normal  0.295189 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  49.65 
 
 
152 aa  128  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  45.21 
 
 
160 aa  128  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0014  tRNA-adenosine deaminase  40.97 
 
 
158 aa  128  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000574394  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.45 
 
 
150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2012  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.71 
 
 
178 aa  126  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168679  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.47 
 
 
154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3638  tRNA-adenosine deaminase  54.68 
 
 
160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.65 
 
 
158 aa  124  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3696  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.96 
 
 
183 aa  124  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0595885  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.65 
 
 
168 aa  124  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3779  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.96 
 
 
154 aa  123  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142761  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0277  tRNA-adenosine deaminase  50.35 
 
 
143 aa  123  7e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.681033  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9319  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.56 
 
 
154 aa  123  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0031  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45.83 
 
 
148 aa  123  8.000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000369042  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0612  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  51.05 
 
 
153 aa  123  8.000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.55 
 
 
152 aa  123  9e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0839  tRNA-adenosine deaminase  49.31 
 
 
151 aa  123  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.35 
 
 
154 aa  123  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  45.14 
 
 
161 aa  122  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1603  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.25 
 
 
161 aa  121  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0633824  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  51.37 
 
 
146 aa  121  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0449  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  48.84 
 
 
140 aa  121  4e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  48.25 
 
 
144 aa  120  7e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.95 
 
 
158 aa  120  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.55 
 
 
152 aa  120  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  47.48 
 
 
168 aa  119  9.999999999999999e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  50.35 
 
 
155 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.62 
 
 
231 aa  119  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  44.6 
 
 
170 aa  119  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0498  cytosine deaminase, putative  47.59 
 
 
153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.490204 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  44.44 
 
 
158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3540  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.66 
 
 
162 aa  118  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00955446 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.55 
 
 
164 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  46.1 
 
 
177 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4048  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.72 
 
 
144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  43.06 
 
 
143 aa  117  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0274  tRNA-adenosine deaminase  47.14 
 
 
168 aa  117  3.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  45.45 
 
 
176 aa  117  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  44.76 
 
 
166 aa  117  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.85 
 
 
152 aa  117  6e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.48 
 
 
151 aa  117  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  48.85 
 
 
190 aa  117  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.496749  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0357  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.62 
 
 
154 aa  117  7e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0608  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.76 
 
 
154 aa  117  7e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.740984  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  43.06 
 
 
143 aa  117  7e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1413  tRNA-adenosine deaminase  45.14 
 
 
156 aa  117  7e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0469  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  45.45 
 
 
135 aa  117  7.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0760  hypothetical protein  45.52 
 
 
155 aa  116  7.999999999999999e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000743067  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3417  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.65 
 
 
158 aa  116  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.44 
 
 
170 aa  116  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0158  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.83 
 
 
190 aa  115  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  49.65 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1317  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.92 
 
 
175 aa  116  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0738  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.71 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000176793  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0471  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  48.46 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.44 
 
 
164 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>