62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0560 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 		 610 aa  1263    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  47.95 
 
 		 611 aa  585  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0678  Extracellular ligand-binding receptor  22.98 
 
 		 476 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 373 aa  57  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 373 aa  53.9  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 373 aa  53.9  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 372 aa  53.5  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  28.04 
 
 		 390 aa  53.1  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 398 aa  51.2  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 		 384 aa  50.8  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 370 aa  50.4  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1038  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.74 
 
 		 371 aa  49.3  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0869251  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 		 382 aa  49.7  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1110  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.7 
 
 		 370 aa  49.3  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 		 372 aa  49.3  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 		 381 aa  49.3  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 390 aa  48.9  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  24.03 
 
 		 413 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 371 aa  48.5  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1163  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.74 
 
 		 371 aa  48.9  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.860982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  24.41 
 
 		 371 aa  48.5  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.41 
 
 		 371 aa  48.5  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  24.41 
 
 		 371 aa  48.5  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 		 376 aa  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  24.03 
 
 		 374 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.41 
 
 		 371 aa  48.5  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 358 aa  48.5  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  24.03 
 
 		 371 aa  47.8  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3974  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 371 aa  47.8  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 389 aa  47.8  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0244  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein  25.66 
 
 		 371 aa  47.8  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.66 
 
 		 371 aa  47.8  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 		 375 aa  47.8  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1490  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 		 372 aa  47.4  0.0007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000299787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 370 aa  47.8  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 369 aa  47  0.0009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 		 375 aa  46.6  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 		 372 aa  47  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 373 aa  46.2  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  21.99 
 
 		 388 aa  46.2  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 372 aa  45.4  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 372 aa  45.4  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 373 aa  45.4  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.62 
 
 		 399 aa  45.4  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  22.42 
 
 		 373 aa  45.4  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 372 aa  45.4  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 372 aa  45.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 372 aa  44.7  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.52 
 
 		 404 aa  44.7  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 379 aa  44.7  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 370 aa  44.3  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 372 aa  44.3  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3872  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 370 aa  44.7  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 406 aa  44.3  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0769  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.64 
 
 		 371 aa  44.3  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0554402  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 376 aa  44.3  0.007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4059  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 370 aa  44.3  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  21.71 
 
 		 370 aa  44.3  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 		 371 aa  43.9  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 374 aa  43.9  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1162  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.64 
 
 		 369 aa  43.9  0.009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.438916  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1037  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.64 
 
 		 369 aa  43.9  0.009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.148346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>