29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5231 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5231  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 89 aa  174  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.991893  normal  0.152462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  55.56 
 
 		 301 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.32 
 
 		 322 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  64.04 
 
 		 303 aa  90.9  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 296 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 296 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  48.15 
 
 		 273 aa  85.5  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  47.37 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 324 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 307 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 324 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 305 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 307 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 316 aa  52.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 309 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 309 aa  49.7  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  33.73 
 
 		 312 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  35.71 
 
 		 312 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 312 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 312 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 306 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 306 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 292 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 309 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 309 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 281 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 326 aa  41.6  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>