60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3140 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3140  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 68 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2878  phage transcriptional regulator, AlpA  77.94 
 
 		 68 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.891339  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1076  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  71.64 
 
 		 68 aa  102  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.154592 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4887  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  70.15 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2135  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  70.15 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0763  AlpA family protein  67.65 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3196  AlpA family transcriptional regulator  67.14 
 
 		 78 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4782  AlpA family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 77 aa  97.1  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.320716 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3391  prophage CP4-57 regulatory protein  65.71 
 
 		 76 aa  95.9  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1390  phage transcriptional regulator, AlpA  61.76 
 
 		 70 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4693  AlpA family transcriptional regulator  75.47 
 
 		 57 aa  90.9  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2530  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 		 71 aa  55.1  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  42.65 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  35.48 
 
 		 65 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 		 65 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  41.51 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  40.35 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  40.68 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  40.35 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  36.21 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 74 aa  47.4  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  40.68 
 
 		 60 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4777  hypothetical protein  35 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.606513  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 81 aa  45.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  38.46 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  32.79 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  38.46 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 71 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4148  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 55 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260842  normal  0.601946 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  34.43 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 62 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  32.65 
 
 		 73 aa  43.5  0.0009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  30.51 
 
 		 68 aa  42.7  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  33.33 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1131  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.232619  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  37.1 
 
 		 86 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 65 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  37.25 
 
 		 74 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 76 aa  42  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  28.81 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  28.57 
 
 		 75 aa  41.2  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  26.98 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  32.2 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  31.48 
 
 		 61 aa  40.8  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 56 aa  40.8  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  35.29 
 
 		 87 aa  40.8  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  35.71 
 
 		 86 aa  40.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>