28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1221 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 119 aa  244  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  60.66 
 
 		 123 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  60.17 
 
 		 120 aa  142  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  61.02 
 
 		 120 aa  143  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  60.17 
 
 		 120 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 157 aa  133  9e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  46.09 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0666  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 114 aa  74.7  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  34.91 
 
 		 115 aa  70.9  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  37.39 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  31.03 
 
 		 110 aa  62  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  32.38 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04261  conserved hypothetical protein  34.33 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  31.3 
 
 		 124 aa  48.9  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.538584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5900  hypothetical protein  34.33 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4934  hypothetical protein  32.84 
 
 		 87 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5722  putative transcriptional regulator  27.83 
 
 		 141 aa  47.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 346 aa  43.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0355  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 214 aa  41.2  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  32.73 
 
 		 205 aa  40.8  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 86 aa  40.4  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  35.71 
 
 		 227 aa  40.4  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>